1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
gttggttatctgtgatcatcatgattggtctttcttcactttgcccagttcttaatttgacattatctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGGGTTACCAAACTCTTCTGAACACTGATCTTAAGAGAGAACTTGACCATT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G005493_T01 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG GTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGEST: gi|211215524|gb|FL427999.1|FL427999
genomic: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAGgttggttatc ... ctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAG
EST: GTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG GTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGEST: gi|67019408|gb|CO448157.1|CO448157
genomic: GTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAGgttggttatc ... ctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAG
EST: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG GTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGEST: gi|67037452|gb|CO464268.1|CO464268
genomic: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAGgttggttatc ... ctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAG
EST: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAC GTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGEST: gi|67010832|gb|CO439581.1|CO439581
genomic: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAGgttggttatc ... ctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAG
EST: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG GTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAG
genomic: AGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAGgttggttatc ... ctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAG
tgattggtctttcttcactttgcccagttcttaatttgacattatctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGGGTTACCAAACTCTTCTGAACACTGATCTTAAGAGAGAACTTGACCATT
ttatctcctt CT-rich tract
ttaatttgacattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggttatctgtgatcatcatgattggtctttcttcactttgcccagttcttaatttgacattatctccttacagGTCACTCACTACCTAGGTGGTGAAAACTATGTGTTTTGGGGTGGAAGAGAGGGTTACCAAACTCTTCTGAACACTGATCTTAAGAGAGAACTTGACCATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA