1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaacagaatgtgcacgccctctcattcagggttgcttttctattattttgtttatgtttagtgaatactaaattgtagaaggtattggtgaatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTGTGGGACAAGGGTATGCTGATATATATGGGCGGCATAATTGCATGATTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G852877_T02 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTTTTAACTTTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTTTATGAAGAGATGTTTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|93017381|gb|EB642901.1|EB642901
genomic: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|89250280|gb|DY622066.1|DY622066
genomic: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTTTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTTTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|166477681|gb|EG315768.1|EG315768
genomic: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: CTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|6527113|gb|AW216323.1|AW216323
genomic: CTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|32859927|gb|CD999608.1|CD999608
genomic: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: GGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|60339014|gb|DN205987.1|DN205987
genomic: GGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTTTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTTTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|101399785|gb|EB821739.1|EB821739
genomic: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTTTTAATTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTTTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTEST: gi|32859928|gb|CD999609.1|CD999609
genomic: TTTGTCGGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
EST: GGATTGGGTCATGGAGGGGGAGAATGTGCTTAACTCTGGAACAG GTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
genomic: GGATTGGGTCATGGAATGTGATAATGTTCTTAACTCTGGAACAGgtaacagaat ... aatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGT
ttttgtttatgtttagtgaatactaaattgtagaaggtattggtgaatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTGTGGGACAAGGGTATGCTGATATATATGGGCGGCATAATTGCATGATTA
tactaaa putative branch site (score: 1)
aatactaaattgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacagaatgtgcacgccctctcattcagggttgcttttctattattttgtttatgtttagtgaatactaaattgtagaaggtattggtgaatttaaaagGTCAAAAGATTCTTTCTATGAAGAGATGTCTGCACTGCAAGTAGGGATTGTGTGGGACAAGGGTATGCTGATATATATGGGCGGCATAATTGCATGATTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT