ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtacgggtccggttttattactgttgctttggatggtgttggaatatctgtgcacatctatcacctttttgttacttgtcgctgtctgctacagtcacactgatgttttgtgccgcccctattatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGACGCGTTGCTTTCAGTTCATCCGACAACAGCA

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM5G834205_T02
intron #	8
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM5G834205_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g01740.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8

gtacgggtccggttttattactgttgctttggatggtgttggaatatctgtgcacatctatcac-ctttttgttacttgtc-gctgtctgctacagtcacactgatgttttgtgccgcccctattatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGACGCGTTGCTTTCAGTTCATCCGACAACAGCA
             |   |  |   || ||  | || | ||  ||||||| |  ||||   ||   |  |  || |  |||       | ||||   | ||| |||  | | | |  ||     ||  ||||||||||||||    ||||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| || || ||| ||
------------gtaagtgtccactgttt--ggtgctcttc-aatatcttttgacattgctccttcagtccgtgatatgtttataagcagctatttttacattgacatat-gagttgctatcctttgttgctagGGATGAAGTGGTGGTATCACAAGCAATAGAACTGAACGAAGAGCTTCACAAGGTCCTTGTACGGCATGATGCGTTGCTTTCAGTTCAGCCAACTACAACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|149079652|gb|EE168649.2|EE168649

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|93015304|gb|EB640824.1|EB640824

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|93015622|gb|EB641142.1|EB641142

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149083864|gb|EE173239.2|EE173239

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|71428013|gb|DR809063.1|DR809063

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|78107222|gb|DV525640.1|DV525640

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|71421501|gb|DR805467.1|DR805467

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|211276223|gb|FL230638.1|FL230638

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149102741|gb|EE288090.2|EE288090

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|71320275|gb|DR796886.1|DR796886

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|71302875|gb|DR787549.1|DR787549

EST:     AATGTACG-TTCAGAAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: AATGTACGTTTCAG-AAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|76291817|gb|DV031385.1|DV031385

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|78116688|gb|DV535075.1|DV535075

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTCGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|76282167|gb|DV021735.1|DV021735

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|101391432|gb|EB817651.1|EB817651

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|148952812|gb|EC898804.2|EC898804

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|76021099|gb|DT948269.1|DT948269

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|71326004|gb|DR799684.1|DR799684

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|76924362|gb|DV169916.1|DV169916

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|89249854|gb|DY621640.1|DY621640

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|148938286|gb|EC882590.2|EC882590

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|86472430|gb|DY238800.1|DY238800

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|211390578|gb|FL303487.1|FL303487

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149085134|gb|EE174639.2|EE174639

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|76927739|gb|DV171347.1|DV171347

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149088092|gb|EE287276.2|EE287276

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149059924|gb|EE157051.2|EE157051

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|84970062|gb|DW468434.1|DW468434

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|74245587|gb|DT653501.1|DT653501

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|78091790|gb|DV520164.1|DV520164

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149085242|gb|EE174748.2|EE174748

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|50339159|gb|CO534285.1|CO534285

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|76281749|gb|DV021317.1|DV021317

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|149105965|gb|EE291598.2|EE291598

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

EST: gi|48690727|gb|CO049262.1|CO049262

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGG-AGTCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTA-TCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATA

EST: gi|93017402|gb|EB642922.1|EB642922

EST:     CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAG                         GGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA
genomic: CAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAA

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 215

GGAGCAACGGATGAATTTGTGTTGGATCTTGTCGAGCAATGTACGTTTCAGAAGCAACGAATAATGCACCTTGTTATGACATCAAGgtacgggtcc ... tatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGACGCGTTGCTTTCAGTTCATCCGACAACAGCA

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 133

Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 176

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 108

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcgctgtctgctacagtcacactgatgttttgtgccgcccctattatttgctagGGATGAAACACTGGTATCACAAGCTATAGAGCTAAATGAAGAGCTACATAAGGTTCTCGTCCGGCATGACGCGTTGCTTTCAGTTCATCCGACAACAGCA