Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccagtctcagctaaaattgctatcctcacaaagtctattcttccaaaattttaagccaatttttttaatgtcactatttgacccatgcactcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATATGGGTTCTCATCACCAACG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G807767_T04
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G807767_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g50980.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
----------------------------------------------------------------ccagtctcagctaaaattgct-atcctcacaaa-----gtctattcttccaaaattttaagccaattttt---ttaatgtcactatttgac-ccatgcactcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATATGGGTTCTCATCACCAACG
                                                                  | | | |   |||||| || ||   ||   |     | | | | | |  ||||   |  | || |||      | | | |  |||| |  | ||| || || ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||
gtactgtttagagcttagagtacaattagcttccttgtgagcaaagagcgactagtttaatgttatattataattaaaaattccttatttgcatggaaagttgccaactttacttaaatgccatccaaaatttcaaaccagtttgatcatttcattctatggaccca-gtacagATGACAATTGATTATATGAGTGGAGTGAACAGCTCATTTATGGAAAGATATGGTTTCTCATCACCAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211020790|gb|FL433478.1|FL433478
EST:     TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAG                         ATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
genomic: TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAGgtattgtcta ... tcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
EST: gi|211151156|gb|FL467091.1|FL467091
EST:     TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAG                         ATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
genomic: TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAGgtattgtcta ... tcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
EST: gi|108953379|gb|EC364711.1|EC364711
EST:     TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAG                         ATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTGTGGAAAGATAT
genomic: TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAGgtattgtcta ... tcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
EST: gi|13557817|gb|BG549173.1|BG549173
EST:     TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAG                         ATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
genomic: TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAGgtattgtcta ... tcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
EST: gi|211112501|gb|FL459338.1|FL459338
EST:     TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAG                         ATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTGTGGAAAGATAT
genomic: TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAGgtattgtcta ... tcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT
EST: gi|211112500|gb|FL459337.1|FL459337
EST:     TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAG                         ATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTGTGGAAAGATAT
genomic: TGCTTGAAGTTATGATTAAGGCTGGACAAGCTATCAAGAAAGGAGACGAGgtattgtcta ... tcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaattttaagccaatttttttaatgtcactatttgacccatgcactcatgtacagATGACGATAGATTATATGAGTGGCGTCAACAGCAAATTTATGGAAAGATATGGGTTCTCATCACCAACG
            aatttttttaatgtca  TA-rich tract