Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cataacagtggatctggtgcaccagatgcatcctcatccagttaatatgtggttccttagtgagctttcttatcttggctgaagtacttgctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G558539_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G558539_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os05g08980.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
cataacagtggatctggtgca--ccagatgcatcctcatccagttaatatgt--ggttccttag----tgagctttcttatcttggctgaagtacttgctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG
        |    ||  || |      ||  |     || ||||| |||||    | |||||      ||   ||| ||||  || || || ||  |  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||
-------ttcatcctattgaaggttgaatttacatgtattcagtttatatggcaagctccttgaaccttggtttttgttataatgact-aattatattttatcaacagAACTTTTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTTATTGAGCAAAATGGTGGAAAGCTGCCAGAACGCCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60339589|gb|DN206562.1|DN206562
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|60358480|gb|DN225453.1|DN225453
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|86471474|gb|DY237844.1|DY237844
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|5936814|gb|AW060082.1|AW060082
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|60354187|gb|DN221160.1|DN221160
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|76925222|gb|DV170325.1|DV170325
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|60398906|gb|DN231722.1|DN231722
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|71300395|gb|DR786266.1|DR786266
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|60340147|gb|DN207120.1|DN207120
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|86474502|gb|DY240872.1|DY240872
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|211347566|gb|FL462326.1|FL462326
EST:     TTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACTTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: TTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|60354933|gb|DN221906.1|DN221906
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|110944775|gb|EE164932.1|EE164932
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|71329626|gb|DR801542.1|DR801542
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|211119819|gb|FL462976.1|FL462976
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|93011741|gb|EB637261.1|EB637261
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|93282521|gb|EB674785.1|EB674785
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|71321373|gb|DR797399.1|DR797399
EST:     GAGGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|32929416|gb|CF034228.1|CF034228
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGT
EST: gi|71332095|gb|DR802954.1|DR802954
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAAT
EST: gi|166646694|gb|EG294487.1|EG294487
EST:     GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAG                         GACTTCTCATGTGCTGGTGTG
genomic: GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 392

GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 376

GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 315

GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 670

GATGGGAAAATTGATTCAATGGAAGCTAAACAGgtgggcgttc ... ctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtggttccttagtgagctttcttatcttggctgaagtacttgctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG
                    tttcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cataacagtggatctggtgcaccagatgcatcctcatccagttaatatgtggttccttagtgagctttcttatcttggctgaagtacttgctatcaacagGACTTCTCATGTGCTGGTGTGATGTACCTCTGCCAATTCATGGAGCAAAATGGTGGAAAGCTTCCGGATCGCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - -ctggtgc
- - - - - - - - - - - - - tgcatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - catccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgaag