Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcttgtttttcacctctattcacataatttggatgacaggaaaatactctcctttttacctgtgttgcctcattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAAACTGCAAAGTGCAAGAAGGTGGTCTGTGATCCTTCGTATTTACCAAACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G435373_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
--------gtcttgtttttcacctctattcacataatttggatgacaggaaaatactct----cctttttacctgtgttgcctcattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAAACTGCAAAGTGCAAGAAGGTGGTCTGTGATCCTTCGTATTTACCAAACA
          | |         |  || |  |||  | ||||||||  || ||     |    | ||||  | ||   | | | || |||  ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| ||||
gtgtgattaccatcaaccctgtcattacttgcatc-tctggatgaccagacaacctaataaaactttttggcatgccatacatgatctta--gGTTGAATTTGATATGGAAGGGAAAGTCTGTGGCGTTACTTCAGAAGGTGAAACTGCAAAATGCAAGAAAGTTGTTTGTGATCCTTCATACTTACCTAACA

upper sequence: GRMZM2G435373_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
--------gtcttgtttttcacctctattcacataatttggatgacaggaaaatactctcctttttacctgtgttgcctcattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAAACTGCAAAGTGCAAGAAGGTGGTCTGTGATCCTTCGTATTTACCAAACA
         || |       | |   | |  ||| || ||| |||||   |||||   |   ||||         || |   ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||
gtgcgattatcatcaacccaatcatgacttgcatcatctgggtgacaaccaaataaaatttcttttg--------gcatgtctttttagGTTGAATTTGATATGGAAGGGAAAGTCTGCGGCGTTACATCAGAAGGAGAAACTGCAAAATGCAAGAAAGTTGTTTGTGACCCTTCCTACTTACCCAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6031345|gb|AW076202.1|AW076202
EST:     TGAGTGCTGNTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|24934285|gb|CA452503.1|CA452503
EST:     ACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: ACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|67031426|gb|CO460175.1|CO460175
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|33095264|gb|CF055258.1|CF055258
EST:     ACTTACATG-TAAACAAGGCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: ACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|32856054|gb|CD995735.1|CD995735
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|32932660|gb|CF037472.1|CF037472
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GGTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGGC-CATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|47962286|gb|CN844995.1|CN844995
EST:     TGAGTGCCGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAGG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|211034436|gb|FL381555.1|FL381555
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|211445979|gb|FL406296.1|FL406296
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|211259815|gb|FL426651.1|FL426651
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|32932658|gb|CF037470.1|CF037470
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
EST: gi|211346475|gb|FL413228.1|FL413228
EST:     TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAG                         GTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA
genomic: TGAGTGCTGTTTATGGTGGTACTTACATGTTAAACAAGCCAGAGTGCAAGgtcttgtttt ... cattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttggatgacaggaaaatactctcctttttacctgtgttgcctcattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAAACTGCAAAGTGCAAGAAGGTGGTCTGTGATCCTTCGTATTTACCAAACA
                                          cctcatttt  CT-rich tract
                                            tcattttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcttgtttttcacctctattcacataatttggatgacaggaaaatactctcctttttacctgtgttgcctcattttatagGTTGAATTCGATATGGAGGGGAAAGTGTGTGGTGTCACATCTGAAGGTGAAACTGCAAAGTGCAAGAAGGTGGTCTGTGATCCTTCGTATTTACCAAACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG