Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgcctgttcgtcgctgcttcattgctcgattggttccttgctctaatctgctttcttgtgccatgttgattgatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G427097_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G427097_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os04g45970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
-----gtaaatgcctgttcgtcgctgcttcattgctcgattggttcct-tgctctaatctgctttcttgtgccatgttgattgatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC
       ||||||| |||| |  |    |  || | |  | | ||    ||     | |  ||  ||| |||  | ||||  | |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||   || ||  | |||||||||| || | |||| || ||||| || |||||||| |||||||
gtaattgaaatgccggttcct-acgatcttgtttcgcattagctttggatgaatacagcatctcccttatgcgct-ttgaacggt--tgcagAACATTCAAGGGTTCATGTGGGATGAGGAGAAGGTGAACATGGAGCTCCACAAGTACATGAACAATTCTTTCCAGCACATCAAGGCCATGTGTAAATCTC

upper sequence: GRMZM2G427097_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA17G15740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
---------------gtaaatgcctgttcgtcgctgcttcattgctcgattggttccttgctctaatctgctttcttgtgccatgttgattgatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC
                ||||  |      | |  |  |  |   ||   ||   ||  |  | |||| |   |     |    | |    || |  || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||| ||  | |||||||||| ||  ||||| ||  | || || || ||||| |||  ||
gtaaatggaatcaacataaacactcaaa-gcctattttgaaaatcttccttaagtctctcttttaatttaaatctcctttggttctatgctgct--tgtagAATATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAAGAGAAAGTGAACCGTGAGCTGAAGAAGTACATGACCAAAGCTTTCCAGGATATCAAGGCAATGTGTAAAATTC

upper sequence: GRMZM2G427097_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv00s0204g00160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-----------gtaaatgcctgttcgtcgctgcttcattg---ctcgattggttccttgctctaatctgctttcttgtgccatgttgattgatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC
            | ||   |||  |  |    | |||||     |||||  ||  |    |||  |  |  |  |   ||     ||  |    |   ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| | |||||  | ||||| ||||| ||  | || |   || | || || |||||  || |||
aatgaaaacaaatgaaaatctgcacccccacccctcatttattttcgatctgtatcagcttcttttacgtgtattgaagcttaaatgtctctgtgcatagAACATTCAAGGATTCATGTGGGACGAAGAGAAAGTGAACCACGAACTTCAGAAGTATATGAGGAGATCCTTCCTGGACGTAAAGGCAATGTGTCAAACTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20300129|gb|BQ163072.1|BQ163072
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATG
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATG
EST: gi|71758196|gb|DR956133.1|DR956133
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|89763860|gb|DY690877.1|DY690877
EST:     TATATGTTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGTTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|27521989|gb|CA989095.1|CA989095
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|19351691|gb|BM896223.1|BM896223
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|19351384|gb|BM895916.1|BM895916
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGA
EST: gi|18384257|gb|BM417456.1|BM417456
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|71772012|gb|DR969949.1|DR969949
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|22491275|gb|BU051198.1|BU051198
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|60395163|gb|DN228032.1|DN228032
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTT
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTT
EST: gi|71771833|gb|DR969770.1|DR969770
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|18384249|gb|BM417448.1|BM417448
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTA-CNGATGAACTAGA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAAC-GATGAACTAGA
EST: gi|71769690|gb|DR967627.1|DR967627
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|211517715|gb|FL471057.1|FL471057
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGSGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAMCGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|87151934|gb|DY396723.1|DY396723
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|71762903|gb|DR960840.1|DR960840
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|101393831|gb|EB818848.1|EB818848
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|148950840|gb|EC896455.2|EC896455
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|211086894|gb|FL471058.1|FL471058
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|76933851|gb|DV173611.1|DV173611
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|87152706|gb|DY397495.1|DY397495
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATG
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATG
EST: gi|32944867|gb|CF049686.1|CF049686
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGTAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|148938395|gb|EC882709.2|EC882709
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|22490092|gb|BU050015.1|BU050015
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATG
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATG
EST: gi|76284086|gb|DV023654.1|DV023654
EST:     TATATGTTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
EST: gi|94472525|gb|EB701483.1|EB701483
EST:     TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAG                         AACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA
genomic: TATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 114

ATTCTCGCCAAGAAGGGGGTAGTAGTATTACCTGATATATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 617

ATTCTCGCCAAGAAGGGGGTAGTAGTATTACCTGATATATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 638

ATTCTCGCCAAGAAGGGGGTAGTAGTATTACCTGATATATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 146

ATTCTCGCCAAGAAGGGGGTAGTAGTATTACCTGATATATATGCTAATTCAGGTGGCGTGGTCGTTAGCTACTTTGAATGGGTGCAGgtaaatgcct ... gatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatgcctgttcgtcgctgcttcattgctcgattggttccttgctctaatctgctttcttgtgccatgttgattgatggtgcagAACATTCAAGGTTTCATGTGGGATGAGGAGAAAGTTAACGATGAACTAGAAAAGTACATGAGCAGTGCTTTTCAACACATGAAAGCCATGTGCAAATCTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG