1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagcagttctattattggtttcccggctatttattctgtattgttttcttcacccaactctgtgacttgcaattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTGATCCTCAAAGGGGCATCCCTGAGGATAAGATAAGCCCCGTGATGAACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G408242_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGCCATGAACATA GTTAAGAATATCTTTATGGAAATATTAGACTTTTATGACCCCTACAAGATTEST: gi|22521611|gb|BU080422.1|BU080422
genomic: GGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACCCCCCAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACCCCTACAAGATTEST: gi|60352426|gb|DN219399.1|DN219399
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|37373889|gb|CF623269.1|CF623269
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|78022288|gb|DV490675.1|DV490675
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|32930869|gb|CF035681.1|CF035681
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|78544078|gb|DV621576.1|DV621576
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|60352672|gb|DN219645.1|DN219645
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|60346539|gb|DN213512.1|DN213512
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|5739678|gb|AI947473.1|AI947473
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|22818771|gb|BU498861.1|BU498861
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: TAAGGACACCCCAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACCCCTACAAGATTEST: gi|71772452|gb|DR970384.1|DR970384
genomic: TAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCG-TGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|74235410|gb|DT643324.1|DT643324
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|211115727|gb|FL229698.1|FL229698
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAG-ACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGNTGACATGAACATA GGTNAGA-TATCTCTATGGGAGTATTAGACTTCTATGACACCTACA-GAATEST: gi|211507205|gb|FL420316.1|FL420316
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|50333682|gb|CO528808.1|CO528808
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAEST: gi|6742399|gb|AW313214.1|AW313214
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTA
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|6760625|gb|AW324724.1|AW324724
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|20301653|gb|BQ164596.1|BQ164596
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|148990759|gb|EE032170.2|EE032170
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: TAAGGACACCCCAGCATGGTTTTGA-GAGCTCCGTGTTGACATGAACATA AEST: gi|148990759|gb|EE032170.2|EE032170
genomic: TAAGGACACCACAGCATGGTTT-GAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccag-
EST: TAAGGACACCCCAGCATGGTTTTGA-GAGCTCCGTGTTGACATGAACATA AEST: gi|148990758|gb|EE032169.2|EE032169
genomic: TAAGGACACCACAGCATGGTTT-GAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccag-
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTTTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|60339571|gb|DN206544.1|DN206544
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTTTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|93282133|gb|EB674397.1|EB674397
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|74235409|gb|DT643323.1|DT643323
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|211160608|gb|FL453142.1|FL453142
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTGGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTGCAAGATTEST: gi|18649580|gb|BM498399.1|BM498399
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|71772451|gb|DR970383.1|DR970383
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|22549285|gb|BU101486.1|BU101486
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|148937775|gb|EC881986.2|EC881986
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTAC
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTAC
ggctatttattctgtattgttttcttcacccaactctgtgacttgcaattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTGATCCTCAAAGGGGCATCCCTGAGGATAAGATAAGCCCCGTGATGAACA
ttccc CT-rich tract
tattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcagttctattattggtttcccggctatttattctgtattgttttcttcacccaactctgtgacttgcaattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTGATCCTCAAAGGGGCATCCCTGAGGATAAGATAAGCCCCGTGATGAACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT