Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatggctttaagaaatggtaataatgcttgacctgcatgtttatgcatactgttgttatcttgcagctgctaatccagtattgattttgtgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCTGGTGTCCTCAACATTGTAACAGGAGTCTTTGCTCGCAGGGGCTACAATA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G407044_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G407044_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g39570.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
----atatggctttaagaaatggtaataatgcttgacctgcatgtttatgcatactgttgttatcttgcagctgctaatccagtattgattttgtgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCTGGTGTCCTCAACATTGTAACAGGAGTCTTTGCTCGCAGGGGCTACAATA
     | | ||| ||||   |      | || |  |  | |||||| ||| ||||     | |   ||||| | |||| | |    ||||||| | | || ||| | | ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
gtctctgtagctctaagctgtt----cagtgttaaatatacatgttaatgtatacaaaattaaggatgcaggtcctaagctaaatatgattttatttggtgcagTCAAGTGGACTTCGATCACATACTCTATCCATCCTTGTCAATGATTGCCCTGGTGTTCTCAACATTGTTACAGGGGTCTTTGCTCGCAGAGGCTACAATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89253086|gb|DY624872.1|DY624872
EST:     CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|60338155|gb|DN205128.1|DN205128
EST:     CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|78122764|gb|DV541148.1|DV541148
EST:     GTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACT
EST: gi|71435773|gb|DR816823.1|DR816823
EST:     GTGATGTTTATCCTGTGGAATCTTACGAGAGCTTATCAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACT
EST: gi|78122763|gb|DV541147.1|DV541147
EST:     ACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: ACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|60340849|gb|DN207822.1|DN207822
EST:     CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: CAGTGAACCATGTACTTGATGCTCATTGGGGTGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
EST: gi|211449937|gb|FL278245.1|FL278245
EST:     TGTTCTGGATGATGATGAT                         GCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT
genomic: TGTTCTGGATGATGATGATgtaagtatag ... tgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatactgttgttatcttgcagctgctaatccagtattgattttgtgttgtacagGCGACTGGACTTCGCTCGCATACTCTCTCCATCCTTGTGAATGACTGTCCTGGTGTCCTCAACATTGTAACAGGAGTCTTTGCTCGCAGGGGCTACAATA
                                  tattgatttt  TA-rich tract