1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ctattttatcacaactgatggctgcctcttctctgcattgagtgcattacatgttatgtttatgggtttccaaaggcttaagtccatgttgcttctgcagACATATTTGGTGGACAATGAGTTCGAGACCGTGTTTGGCATGACCAAAGAGGAGTTCTACGAGCAGCCAAGGTGGAAGCAAGAGTTGCAGAAGAAGAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G359566_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATCAAAGTCTACTGACCCTGTCAGTGGGATAGACCACAAGCGCAGAGAG ACATATTTGGTGGACAATGAGTTCGAGACCGTGTTTGGCATGACCAAAGAG
genomic: TATCAAAGTCTACTGACCCTGTCAGTGGGATAGACCACAAGCGCAGAGAGgtttgtgatt ... gcttctgcagACATATTTGGTGGACAATGAGTTCGAGACCGTGTTTGGCATGACCAAAGAG
attacatgttatgtttatgggtttccaaaggcttaagtccatgttgcttctgcagACATATTTGGTGGACAATGAGTTCGAGACCGTGTTTGGCATGACCAAAGAGGAGTTCTACGAGCAGCCAAGGTGGAAGCAAGAGTTGCAGAAGAAGAAAG
ttgcttct CT-rich tract
ttatgtttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctattttatcacaactgatggctgcctcttctctgcattgagtgcattacatgttatgtttatgggtttccaaaggcttaagtccatgttgcttctgcagACATATTTGGTGGACAATGAGTTCGAGACCGTGTTTGGCATGACCAAAGAGGAGTTCTACGAGCAGCCAAGGTGGAAGCAAGAGTTGCAGAAGAAGAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - -atcacaa
- - - - - - - - - -ggctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - ctgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtccatg