Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgacttccaccatgacagcaatatgctttcacatgctgtgttggctgcttattgccttactctatggttacccttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACTGCCAGCTTTGGTTATGATTACTTGCTTAGGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174696_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174696_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g20750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gttgacttccaccatgacagcaatatgctttcacatgctgtgttggctgcttatt---gccttactctatggttacccttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACTGCCAGCTTTGGTTATGATTACTTGCTTAGGCAG
|| |    |||||| |||  | || |  |||||   |  || ||  |   |||||     || | | || || ||   |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||
gtagggccccaccaagaccaccat-tattttcaacagaagt-ttcacactttattttaatctgattgtaaggata---tggtatgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAATCACATGTCAAGGGACGTTACTTCCAGCTTTGGTTATGACTATATGCTTAGGCAG

upper sequence: GRMZM2G174696_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv03s0097g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
-------------------------------------------------------------gttgacttccaccatgacagcaatatgctttcacatgctgtgttggctgcttattgccttactctatggttacccttatt--tgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACTGCCAGCTTTGGTTATGATTACTTGCTTAGGCAG
                                                             ||||  ||  |   |||   ||||      | | |   | ||||  ||  ||      ||| |   ||| ||   |  ||  || |||||||  | || || || |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||| | |||
gtaagaaagtcccatttatcttagcatgaaaaagttactctactccattttttaatcatgcgttgcttttgaatttgatcccaatggatgcttagagaatttgttatctagtt------ttatttgttggctattttctttcctgtagGTTTCTTTAGCATCAGATTTCATGTACAATTATATGTCAAGAGATGTCACTGCAAGTTTTGGTTATGATTACATCCTTCGACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37398312|gb|CF636468.1|CF636468
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|71428447|gb|DR809497.1|DR809497
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCTGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATAT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATAT
EST: gi|166626593|gb|EG081030.1|EG081030
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCTGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGATTTCATGTATAACCATATGTCAAG
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAG
EST: gi|6095402|gb|AW120069.1|AW120069
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|6095403|gb|AW120070.1|AW120070
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|211352868|gb|FL030242.1|FL030242
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|71428446|gb|DR809496.1|DR809496
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCTGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|32911927|gb|CF016739.1|CF016739
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|6095404|gb|AW120071.1|AW120071
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|60355450|gb|DN222423.1|DN222423
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|83279399|gb|DV943407.1|DV943407
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
EST: gi|32919688|gb|CF024500.1|CF024500
EST:     CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAG                         GTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT
genomic: CAAGCACTGGAATAGTTGCCTTAAGTTATGTCCAGAAGATTTCCGAGAAGgttgacttcc ... ttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcacatgctgtgttggctgcttattgccttactctatggttacccttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACTGCCAGCTTTGGTTATGATTACTTGCTTAGGCAG
                         gccttac  putative branch site (score: 3)
                                          cccttattt  putative PPT
                                             ttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgacttccaccatgacagcaatatgctttcacatgctgtgttggctgcttattgccttactctatggttacccttatttgcagGTTTCCCTTGCGTCTGACTTCATGTATAACCATATGTCAAGAGATGTAACTGCCAGCTTTGGTTATGATTACTTGCTTAGGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG