Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgcatgacttcatctctactcaggatttctgtttcatttgtaactggttcctgaatgtatgctctttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G172322_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G172322_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g06740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtttgcatgacttcatctc--tactcaggatttctgtttcatttgtaactggttcctga-atgtatgct-ctttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA
|| |||||   || || |   |||||   ||||| | || |||  | ||    | ||||    | | || | || || |||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |
gtctgcattgttttatattcttactctccatttcagctttattcctgacatactgctgatgaatttactacattttgacagGGAGTTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGGCTGACAAAGCAAGATTTTGATGCCACTATTGGCATTCACCCAACATCTGCAGAGGAATTTGTCACAATGAGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149037276|gb|EE155319.2|EE155319
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211393001|gb|FL405406.1|FL405406
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|60359695|gb|DN226668.1|DN226668
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211356738|gb|FL440505.1|FL440505
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|148956137|gb|EC901907.2|EC901907
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCCCCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|149101004|gb|EE187101.2|EE187101
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|71319218|gb|DR796369.1|DR796369
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|76285084|gb|DV024652.1|DV024652
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|93017205|gb|EB642725.1|EB642725
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211356737|gb|FL440504.1|FL440504
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211484881|gb|FL392986.1|FL392986
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACSAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211428017|gb|FL465135.1|FL465135
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|211428077|gb|FL466325.1|FL466325
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|76932106|gb|DV172946.1|DV172946
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|166444235|gb|EG193721.1|EG193721
EST:     AGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
EST: gi|60398346|gb|DN231162.1|DN231162
EST:     AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAG                         GGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC
genomic: AAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 83

ACTACCTGATCGTGTATTGATGAAGATTCTTGTGTGCGCTACGTCAAACAAAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 200

ACTACCTGATCGTGTATTGATGAAGATTCTTGTGTGCGCTACGTCAAACAAAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 120

ACTACCTGATCGTGTATTGATGAAGATTCTTGTGTGCGCTACGTCAAACAAAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 107

ACTACCTGATCGTGTATTGATGAAGATTCTTGTGTGCGCTACGTCAAACAAAGTTGTAGGAGTGCACATGTGTGGTGATGATGCACCTGAGATAATTCAGgtttgcatga ... tttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaggatttctgtttcatttgtaactggttcctgaatgtatgctctttatgtcagGGAATTGCAATTGCTGTTAAAGCTGGATTGACGAAGCAAGATTTTGATGCCACCATTGGCATTCACCCCACATCCGCTGAGGAATTCGTCACAATGAGGA
                  ttgtaac  putative branch site (score: 107)
                                        tgctcttt  putative PPT
            tttcattt  TA-rich tract