ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtgagttagttgtattatcatatctaacctctaatcccattgtatagtttcaccttactctcctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G171604_T01
intron #	8
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G171604_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g10640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8

gtgagttagttgtattatcatatctaacctc-taatcccattgtatagtttcaccttactctcctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG
        ||    || || ||| |||| || | |||   |||   |   |  ||| |||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  | || || || ||||| || ||||||||||||
--------gtgagtttgtcttatttaacttccttatcaacttgggcaacctt-cctgactctggtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTGCAATTCGTGCTGAACGGGACTACGTTGTCCATGAGGACTTCATGAAG

upper sequence: GRMZM2G171604_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA06G01200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10

-----------------gtgagttagttgtattatcatatctaacctctaatcccattgtatagtttcaccttactctcctggtttt--agGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG
                   ||||||  || ||      |  ||      ||||   |  ||  | || |   || | |  ||  |||  |||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||| ||  ||| |||||||||||  | ||||||||  | || | ||| ||||| |||
gtagattaaggatacttaagagttatatgcat-gctgaaaatatttctcaatcttttcctaatggtttattctattgtattgacttttcagGGGTTCAATGGTGCTGATCTTCGTAATGTTTGTACTGAAGCTGGTCTGTTTGCTATTCGTGCAGAACGTGATTATGTTATTCATGGAGATTTCATCAAG

upper sequence: GRMZM2G171604_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: PP1S47_46V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 8

----------------------gtgagttagttgtat-tatcatatc----taacctctaatcccattgtatagtttcaccttactctcctggttt-tagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG-
                      |  | || ||| |   ||| |||      | |  | |      || || |  |   | || ||| || | |||   |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||  ||| || || || ||  | || ||||| || || |||||||| |||||| 
tttttttttttgtttgaaatctgcaactttgttttgcatattataaactggttaattttgggaggatggtgtgctcagagctaactatcgttgttcacagGGCTTCAACGGAGCTGATCTTCGCAACGTGTGCACTGAAGCGGGCATGTTTGCTATCCGGGCTGATCGGGACTATGTTGTACAAGAAGACTTTATGAAGG

upper sequence: GRMZM2G171604_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: PP1S47_46V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 7

----------------------gtgagttagttgtat-tatcatatc----taacctctaatcccattgtatagtttcaccttactctcctggttt-tagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG
                      |  | || ||| |   ||| |||      | |  | |      || || |  |   | || ||| || | |||   |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||  ||| || || || ||  | || ||||| || || |||||||| ||||||
tttttttttttgtttgaaatctgcaactttgttttgcatattataaactggttaattttgggaggatggtgtgctcagagctaactatcgttgttcacagGGCTTCAACGGAGCTGATCTTCGCAACGTGTGCACTGAAGCGGGCATGTTTGCTATCCGGGCTGATCGGGACTATGTTGTACAAGAAGACTTTATGAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|6031547|gb|AW076449.1|AW076449

EST:     ATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: ATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|6056657|gb|AW091062.1|AW091062

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|32944633|gb|CF049452.1|CF049452

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|4646615|gb|AI491435.2|AI491435

EST:     AAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: AAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|37399723|gb|CF637196.1|CF637196

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|32165043|gb|CD670361.1|CD670361

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|31357228|gb|CD441585.1|CD441585

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5714082|gb|AI944067.1|AI944067

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|6526814|gb|AW216083.1|AW216083

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|6466761|gb|AW191421.1|AW191421

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|4314836|gb|AI438891.2|AI438891

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475169|gb|FL103102.1|FL103102

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|60352414|gb|DN219387.1|DN219387

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211472644|gb|FL103081.1|FL103081

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGGAAGCTGGTATGGC
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTG-AAGCTGGTATGGC

EST: gi|148999623|gb|EE036608.2|EE036608

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211472649|gb|FL103086.1|FL103086

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|108953700|gb|EC364849.1|EC364849

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|6021736|gb|AW066664.1|AW066664

EST:     CAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATTTTCGGAACGTGTGCNCTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: CAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475162|gb|FL103095.1|FL103095

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGG
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGG

EST: gi|211472645|gb|FL103082.1|FL103082

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|60354245|gb|DN221218.1|DN221218

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|32934726|gb|CF039538.1|CF039538

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAGGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5714026|gb|AI944011.1|AI944011

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAACCAGTCGTGAACCTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATTTTCGGAACGTGTGCCCTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475161|gb|FL103094.1|FL103094

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|24766495|gb|CA401646.1|CA401646

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAACCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5871773|gb|AW018244.1|AW018244

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5770142|gb|AI973316.1|AI973316

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211286434|gb|FL421551.1|FL421551

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|148991470|gb|EE032982.2|EE032982

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475167|gb|FL103100.1|FL103100

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|31360667|gb|CD445024.1|CD445024

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|116825984|gb|EC869734.1|EC869734

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GTGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGC
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagG-GTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGC

EST: gi|148942357|gb|EC887375.2|EC887375

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATTTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|60394885|gb|DN227754.1|DN227754

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475172|gb|FL103105.1|FL103105

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGGGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGG
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGG

EST: gi|78021531|gb|DV489918.1|DV489918

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475168|gb|FL103101.1|FL103101

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|60400513|gb|DN233320.1|DN233320

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|67023560|gb|CO452309.1|CO452309

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|60343585|gb|DN210558.1|DN210558

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211475159|gb|FL103092.1|FL103092

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211472648|gb|FL103085.1|FL103085

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211472650|gb|FL103087.1|FL103087

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|148959842|gb|EE153074.2|EE153074

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5325025|gb|AI783216.1|AI783216

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211350465|gb|FL030236.1|FL030236

EST:     TTACCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|148936300|gb|EC880383.2|EC880383

EST:     -TGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5030687|gb|AI714881.1|AI714881

EST:     TGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|67017632|gb|CO446381.1|CO446381

EST:     TGCCAAGCATGGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TGCCAAGCAT-GGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|93284399|gb|EB676663.1|EB676663

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211350464|gb|FL030235.1|FL030235

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|6056567|gb|AW090972.1|AW090972

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211472652|gb|FL103089.1|FL103089

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|149112654|gb|EE191389.2|EE191389

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|20803090|gb|BQ294140.1|BQ294140

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|211274636|gb|FL463121.1|FL463121

EST:     TTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|67024916|gb|CO453665.1|CO453665

EST:     TGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGGAA                         G-TTTCAATGGGTGCTGATCTATCCGAACGGGTGCCACTGAA-CTGGTAT
genomic: TGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTG-AAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGG-TGCTGATCT-TCGGAACGTGTGC-ACTGAAGCTGGTAT

EST: gi|211475171|gb|FL103104.1|FL103104

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|148928786|gb|EC873579.2|EC873579

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|149111230|gb|EE294728.2|EE294728

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|32945400|gb|CF050219.1|CF050219

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|148979143|gb|EE026531.2|EE026531

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5455652|gb|AI833342.1|AI833342

EST:     GCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: GCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

EST: gi|5871267|gb|AW017738.1|AW017738

EST:     TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAA                         GGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 295

ACCCAACGAGCAATCAAGAATGGAAGTTCTAAAAATCCATGCAGCTGGTATTGCCAAGCATGGGGAAATTGATTATGAAGCAGTCGTGAAACTAGCTGAAgtgagttagt ... ctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 236

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 284

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 197

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatatctaacctctaatcccattgtatagtttcaccttactctcctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG

                              tttcaccttactctcc  CT-rich tract
                     attgtata  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagttagttgtattatcatatctaacctctaatcccattgtatagtttcaccttactctcctggttttagGGTTTCAATGGTGCTGATCTTCGGAACGTGTGCACTGAAGCTGGTATGGCTGCAATTCGTGCAGAGAGAGATTATGTAGTCCACGAAGACTTCATGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA