1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aagcatgtcaagaaatttgacgtggtaacattttcaaccagatgtcgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G170291_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|91872354|gb|EB402311.1|EB402311
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|5030707|gb|AI714901.1|AI714901
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|91873536|gb|EB403493.1|EB403493
genomic: GACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGC-ATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|93284180|gb|EB676444.1|EB676444
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|211128672|gb|FL439960.1|FL439960
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|74236587|gb|DT644501.1|DT644501
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|76016190|gb|DT943360.1|DT943360
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|50332549|gb|CO527675.1|CO527675
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|71431550|gb|DR812600.1|DR812600
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: CCGTGGCATTGAATTGGAGG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|6465582|gb|AW191177.1|AW191177
genomic: CCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|76021195|gb|DT948365.1|DT948365
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|78024045|gb|DV492432.1|DV492432
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|86472832|gb|DY239202.1|DY239202
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|211128671|gb|FL439959.1|FL439959
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|211321948|gb|FK966254.1|FK966254
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|89757610|gb|DY687139.1|DY687139
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|76014034|gb|DT941204.1|DT941204
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|149043280|gb|EE047341.2|EE047341
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|76018499|gb|DT945669.1|DT945669
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|166552651|gb|EG218430.1|EG218430
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: CAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTAGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCEST: gi|78105399|gb|DV523817.1|DV523817
genomic: CAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCT-GTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGC
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|60351954|gb|DN218927.1|DN218927
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|60356095|gb|DN223068.1|DN223068
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGEST: gi|18661354|gb|BM501369.1|BM501369
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTT-ATGGAAGTGACCACTGCCCTGTT-CGCTTGAGCNTTCCGAAGCTGEST: gi|71771441|gb|DR969378.1|DR969378
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
cgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA
aattaat putative branch site (score: 3)
tttttttccatcctcg CT-rich tract
aagaattaattttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagcatgtcaagaaatttgacgtggtaacattttcaaccagatgtcgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC