Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagcatgtcaagaaatttgacgtggtaacattttcaaccagatgtcgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G170291_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G170291_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os12g18200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
-aagcatgtcaagaaatttgacgtggtaacattttcaaccagatgtcgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA--
  |     || |  || ||  | || |  |   |   |   | |   |  || |       |  | | |||  |  |||| |||    |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||  |||| || |  |  |||        ||||   ||   |||| || |  ||  
gcaatgaatcgaacaaatttccttgtttccccctagtaaatggtaatgccaatatgctgtttaatgtcatggtac-aattcattgacgtccatttttgcagGATTTTATGGAAGTGATCACTGCCCCGTTTCACTTGAGCTCTCGGAAGAAGTAGAAGCACCAAAACCCAAGTCCTCCAACTAATT--TCTATATTTCGCACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18167261|gb|BM337100.1|BM337100
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|5030707|gb|AI714901.1|AI714901
EST:     GACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGC-ATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|91873536|gb|EB403493.1|EB403493
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|76021195|gb|DT948365.1|DT948365
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|93284180|gb|EB676444.1|EB676444
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|91872354|gb|EB402311.1|EB402311
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|211128672|gb|FL439960.1|FL439960
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|76010860|gb|DT938030.1|DT938030
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|76016190|gb|DT943360.1|DT943360
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|50332549|gb|CO527675.1|CO527675
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|76014034|gb|DT941204.1|DT941204
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|71431550|gb|DR812600.1|DR812600
EST:     CCGTGGCATTGAATTGGAGG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: CCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|6465582|gb|AW191177.1|AW191177
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|78024045|gb|DV492432.1|DV492432
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|86472832|gb|DY239202.1|DY239202
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|211128671|gb|FL439959.1|FL439959
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|211321948|gb|FK966254.1|FK966254
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|89757610|gb|DY687139.1|DY687139
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|74236587|gb|DT644501.1|DT644501
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|149043280|gb|EE047341.2|EE047341
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|76018499|gb|DT945669.1|DT945669
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|166552651|gb|EG218430.1|EG218430
EST:     CAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTAGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGC
genomic: CAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCT-GTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGC
EST: gi|78105399|gb|DV523817.1|DV523817
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|211321950|gb|FK966256.1|FK966256
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAG
EST: gi|60351954|gb|DN218927.1|DN218927
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|18661354|gb|BM501369.1|BM501369
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTT-ATGGAAGTGACCACTGCCCTGTT-CGCTTGAGCNTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|60356095|gb|DN223068.1|DN223068
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
EST: gi|71771441|gb|DR969378.1|DR969378
EST:     GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATG                         GATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG
genomic: GGACAGAATAGTTTCATGTGAAATGCATGGCCGTGGCATTGAATTGGATGgtatgaagtt ... atcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA
                              aattaat  putative branch site (score: 3)
                                    tttttttccatcctcg  CT-rich tract
                           aagaattaattttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagcatgtcaagaaatttgacgtggtaacattttcaaccagatgtcgaaaaaagttcaagtgtttttatgccaagaattaatttttttccatcctcgcagGATTTTATGGAAGTGACCACTGCCCTGTTTCGCTTGAGCTTTCCGAAGCTGTAGCAGAAGAAGCACCAGGACAGCCCAAGCCATCCATCTAAATATACCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC