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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttgacttaattgttaactaccattgaaacaaactgttctttacttctttttagattccaacttgctagggactaaaaggatttgttgttgttgttttagATTCCCGTGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACCTATATCGGAAGATGGATCCGCTTCCTGAGCAGGAACGCATTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G169927_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G169927_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g04660.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
------gttgacttaattgttaactaccattgaaacaaactgt----tctttacttctt-tttagattccaacttgctagggactaaaaggatttgttgttgttgttttagATTCCCGTGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACCTATATCGGAAGATGGATCCGCTTCCTGAGCAGGAACGCATTGAG
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cttgaaatgaaattagctgcttga-atttctgaggcgcactgcaaaatgtatattttttctttagcacatgacttatctgttgcctaaa----------ctgttgttttagATACTGCTGTTCGGCATGCATTGAGCCCATACCTTGACTACATTGCTTACATATATCAGAGGATGGACCCACTTCCTGAACAGGAACGCTTTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5928610|gb|AW056007.1|AW056007
EST:     GAGAGCTACACAGAAG                         ATTCCCATGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACC
genomic: GAGAGCTACGCAGAAGgttagttatg ... gttgttttagATTCCCGTGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACC
EST: gi|31354779|gb|CD439136.1|CD439136
EST:     TTTCCCAGTATCTGAAGGAGTGCTCTCAGGTGATGAGAGCTACACAGAAG                         ATTCCCATGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACC
genomic: TTTCCCAGTATCTGAAGGAGTGCTCTCAGGTGACGAGAGCTACGCAGAAGgttagttatg ... gttgttttagATTCCCGTGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttttagattccaacttgctagggactaaaaggatttgttgttgttgttttagATTCCCGTGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACCTATATCGGAAGATGGATCCGCTTCCTGAGCAGGAACGCATTGAG
                         gactaaa  putative branch site (score: 2)
                                              ttgtttt  putative PPT
                                              ttgtttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgacttaattgttaactaccattgaaacaaactgttctttacttctttttagattccaacttgctagggactaaaaggatttgttgttgttgttttagATTCCCGTGTTCGACATGCATTAACTCCTTACCTTGAATACATTGCGTACCTATATCGGAAGATGGATCCGCTTCCTGAGCAGGAACGCATTGAG

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