1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...agtttgtatcttttactaattaacttgtatgaagagtatgcctttttcaattgtaatgttggcattgtattccatttattttgaatgcctttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGGCAGCAGAGTTTGCAGACTACCGTGTCAAACAGTCTCGACAGTCTGCAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G168249_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGEST: gi|15209030|gb|BI430914.1|BI430914
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGEST: gi|15209031|gb|BI430915.1|BI430915
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGEST: gi|60348765|gb|DN215738.1|DN215738
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGEST: gi|60344624|gb|DN211597.1|DN211597
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
EST: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAG GTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
genomic: AGGGTATTGATGCCTTTGAGGAACAGGCTATTGAATTTGCTTCTAGAAAGgtttgcctca ... ttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGG
ttcaattgtaatgttggcattgtattccatttattttgaatgcctttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGGCAGCAGAGTTTGCAGACTACCGTGTCAAACAGTCTCGACAGTCTGCAC
cctttgctt CT-rich tract
tattccatttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtttgtatcttttactaattaacttgtatgaagagtatgcctttttcaattgtaatgttggcattgtattccatttattttgaatgcctttgcttgtagGTAGCTGCTATGTCAGGTGATGCTAGGCGAGCTTTAGAGATTTGTAGACGGGCAGCAGAGTTTGCAGACTACCGTGTCAAACAGTCTCGACAGTCTGCAC
- - - - - - - - - - - - ttgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaatgc