1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gatggattttgattattagtgtacatggtagaagattctaggctttggaaaatattgcaatgtcatgcaaaaattgtaacatcgggttgaatgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTGCCTTGCCCGTTGGAACAGTCAGTGGTGCACCAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G161337_T02 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCAGCTCAACG GTTAGTGGGCAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|13178323|gb|BG349581.1|BG349581
genomic: ATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|71429501|gb|DR810551.1|DR810551
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|211345790|gb|FL266263.1|FL266263
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: ATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTYAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|33099478|gb|CF059438.1|CF059438
genomic: ATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|149103558|gb|EE288957.2|EE288957
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: CCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|8930541|gb|BE225305.1|BE225305
genomic: CCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|4887265|gb|AI677364.1|AI677364
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|37392136|gb|CF633315.1|CF633315
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|71761802|gb|DR959739.1|DR959739
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|71762476|gb|DR960413.1|DR960413
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|67014966|gb|CO443715.1|CO443715
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|71314990|gb|DR794114.1|DR794114
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|548048|gb|T25248.1|T25248
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|31364516|gb|CD448871.1|CD448871
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|149000181|gb|EE037320.2|EE037320
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|166617705|gb|EG206258.1|EG206258
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: CTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|116816802|gb|EC859574.1|EC859574
genomic: CTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAAAGCTEST: gi|33093179|gb|CF053173.1|CF053173
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|71448131|gb|DR829181.1|DR829181
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|60357763|gb|DN224736.1|DN224736
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|32836831|gb|CD976509.1|CD976509
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|213175359|gb|FM190077.1|FM190077
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|7238168|gb|AW573390.1|AW573390
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|148939087|gb|EC883495.2|EC883495
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|32866600|gb|CF006282.1|CF006282
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|13178556|gb|BG349814.1|BG349814
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|60398523|gb|DN231339.1|DN231339
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|211345792|gb|FL266265.1|FL266265
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|5713996|gb|AI943981.1|AI943981
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|60344440|gb|DN211413.1|DN211413
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|211345789|gb|FL266262.1|FL266262
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|211345791|gb|FL266264.1|FL266264
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|32836931|gb|CD976609.1|CD976609
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|67024314|gb|CO453063.1|CO453063
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|211282582|gb|FL175928.1|FL175928
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTEST: gi|149026791|gb|EE046153.2|EE046153
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
EST: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACG GTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
genomic: AGTTGATGAACATTGAGAGATACTCCCATGTTATGCACATCAGCTCAACGgttaggctgt ... atgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCT
tggaaaatattgcaatgtcatgcaaaaattgtaacatcgggttgaatgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTGCCTTGCCCGTTGGAACAGTCAGTGGTGCACCAAAG
ttgtaac putative branch site (score: 209)
aaaaattgtaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatggattttgattattagtgtacatggtagaagattctaggctttggaaaatattgcaatgtcatgcaaaaattgtaacatcgggttgaatgtttgcagGTTAGTGGACAGTTGGATGATCATCTCCAGAGTTGGGATGCCTTGAGAGCTGCCTTGCCCGTTGGAACAGTCAGTGGTGCACCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - gtacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgca