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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttgctcttgctttatatgatcactacattgtcaatttaaaaattctgttgctgcatgcatataaaaataacttgccttcttatagGGTCTGAGATCTACCAAGAATTACTGGTTAAGGCACTTACCAAATCCTTTGGTGCTAAGCTGCTTGTCATAGATTATTCGCTGCTGTCTGGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G157621_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G157621_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g47530.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
----------------------------------------------------------gtatttgctcttgctttatatgatcacta-cattgtcaa---tttaaaaattctgttgctgcat-gcatataaaaataacttgccttcttatagGGTCTGAGATCTACCAAGAATTACTGGTTAAGGCACTTACCAAATCCTTTGGTGCTAAGCTGCTTGTCATAGATTATTCGCTGCTGTCTGGT
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gtaagcttatcgctgaatgtaaattaactgctcaattagtaatttttaagagagtccatttttcactctaaaagaaaattgttgctggcatttactaattttttaaaatgctatgcatggattgttgactaaaataattggcatttttaaagGATCTGAGATATACCAAGAATCATTAGTGAAGGCTCTTACCAAACACTTTGGTGCTAAGCTGCTCATTATAGATCCTTCGTTGCTGGCGAGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaatttaaaaattctgttgctgcatgcatataaaaataacttgccttcttatagGGTCTGAGATCTACCAAGAATTACTGGTTAAGGCACTTACCAAATCCTTTGGTGCTAAGCTGCTTGTCATAGATTATTCGCTGCTGTCTGGT
                                  aaataac  putative branch site (score: 2)
                                        cttgccttctt  CT-rich tract
                            atataaaaataactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatttgctcttgctttatatgatcactacattgtcaatttaaaaattctgttgctgcatgcatataaaaataacttgccttcttatagGGTCTGAGATCTACCAAGAATTACTGGTTAAGGCACTTACCAAATCCTTTGGTGCTAAGCTGCTTGTCATAGATTATTCGCTGCTGTCTGGT

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