Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaatctctaaattgcgatgcggtaaattataaatgcatgctattaatgttagtgatgactttctgcttgtttttttctttggttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GRMZM2G155729_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os08g10600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaatctctaaattgcgatgcggtaaattataaatgcatgctattaatgttagtgatgact-ttctgcttgtttttttctttggttgtacc-cagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
||||| || | | | | | | || | || ||| ||||||| | | | | || || ||| | ||| ||| || |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
gtaattccttgtat------cagaatacaacaattatatattatcgatgttagccacaattatgttgtttatttcctctttttactgtgccacagCTCTAAAATCTCAAAGGTTGCTGGACGATATGGCTGGAAGAGGTGTGAAATATGTAGATTGCTATGGAGTTGACAATGTATTGMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|71439643|gb|DR820693.1|DR820693EST: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG CTCTAAAATCTAAA
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAA
EST:
gi|74243750|gb|DT651664.1|DT651664EST: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG CTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
EST:
gi|211407698|gb|FL252163.1|FL252163EST: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG CTCTAAAATCTAARAGGTTGCTTGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
EST:
gi|211407699|gb|FL252164.1|FL252164EST: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG CTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTTGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGT
EST:
gi|148942820|gb|EC887853.2|EC887853EST: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTG CTCTAAAATCTAAAAAGTTGCTCGATGATATGGCTGCA
genomic: GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCA
RNA-Seq data
ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site
atgs Truncated intron sequence
Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.
Found data for 4 RNA-Seq libraries.
Block sizes:
40 (upstream exon),
44 (downstream exon)
Score:
30GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
Block sizes:
40 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
22GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
Block sizes:
40 (upstream exon),
46 (downstream exon)
Score:
22GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
Block sizes:
40 (upstream exon),
47 (downstream exon)
Score:
20GTAGCAAAGGCTCCCGATGGCAATGGCGGAGTATATGCTGgtaatctcta ... ttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tgctattaatgttagtgatgactttctgcttgtttttttctttggttgtacccagCTCTAAAATCTAAAAGGTTGCTCGATGATATGGCTGCAAAAGGTGTTAAGTATGTAGATTGCTATGGAGTTGATAATGTATTG
tattaat putative branch site (score: 20)
tttttttctttggtt putative PPT
ttgtttttttcttt TA-rich tract