Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atcaataaccgaagccagcacatatactttatttcctgaaatcggtagtgtttgaaaaggaaatgtatttttattaatttctgcatttgaatgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146472_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60398720|gb|DN231536.1|DN231536
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|28930818|gb|CB334179.1|CB334179
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|31363344|gb|CD447701.1|CD447701
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|15214979|gb|BI431119.1|BI431119
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|22542105|gb|BU092543.1|BU092543
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTAC
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTAC
EST: gi|32841469|gb|CD981150.1|CD981150
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|19822219|gb|BQ048243.1|BQ048243
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|166685781|gb|EG103044.1|EG103044
EST:     CGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAANAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|76930615|gb|DV172453.1|DV172453
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|89755184|gb|DY685709.1|DY685709
EST:     GCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: GCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32839619|gb|CD979300.1|CD979300
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATG-CCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|71756347|gb|DR954284.1|DR954284
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|24773481|gb|CA408735.1|CA408735
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32837442|gb|CD977120.1|CD977120
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGNACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|149010217|gb|EE042036.2|EE042036
EST:     TGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: TGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60346152|gb|DN213125.1|DN213125
EST:     CAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32831818|gb|CD971496.1|CD971496
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGGCGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60401473|gb|DN234280.1|DN234280
EST:     CAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60343821|gb|DN210794.1|DN210794
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|149101883|gb|EE187954.2|EE187954
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|15632650|gb|BI679743.1|BI679743
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60350971|gb|DN217944.1|DN217944
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|24774011|gb|CA409265.1|CA409265
EST:     CACTGGTCGCGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|76918295|gb|DV167234.1|DV167234
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|56462114|gb|CK986412.1|CK986412
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|31356464|gb|CD440821.1|CD440821
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|4753393|gb|AI657303.1|AI657303
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60345407|gb|DN212380.1|DN212380
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|31359395|gb|CD443752.1|CD443752
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|148933612|gb|EC877493.2|EC877493
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|24774111|gb|CA409365.1|CA409365
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|67031337|gb|CO460086.1|CO460086
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60357376|gb|DN224349.1|DN224349
EST:     GTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: GTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|14202293|gb|BG835970.1|BG835970
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|24961547|gb|CA483556.1|CA483556
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|31363502|gb|CD447859.1|CD447859
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAAAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60396096|gb|DN228965.1|DN228965
EST:     GCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: GCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|31354397|gb|CD438754.1|CD438754
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|24773581|gb|CA408835.1|CA408835
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|29577050|gb|CB617162.1|CB617162
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAAGCAGGGGAAGAA                         GCATGAGCAATGGGCCCCCTCCACCTGCTTATG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATG
EST: gi|148939817|gb|EC884519.2|EC884519
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|211501106|gb|FL128526.1|FL128526
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60355626|gb|DN222599.1|DN222599
EST:     CGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32829344|gb|CD969022.1|CD969022
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60344926|gb|DN211899.1|DN211899
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60337039|gb|DN204012.1|DN204012
EST:     TGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: TGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32839644|gb|CD979325.1|CD979325
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAAC
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAAC
EST: gi|32839779|gb|CD979460.1|CD979460
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|60350068|gb|DN217041.1|DN217041
EST:     AGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: AGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|148942045|gb|EC887040.2|EC887040
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|31364520|gb|CD448875.1|CD448875
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32839780|gb|CD979461.1|CD979461
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|149101884|gb|EE287439.2|EE287439
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
EST: gi|32839645|gb|CD979326.1|CD979326
EST:     CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAG                         GCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG
genomic: CACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 136

AATCGTATCCCACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 176

AATCGTATCCCACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 96

AATCGTATCCCACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 118

AATCGTATCCCACTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTGGTGGCAGAAGAGGCAGGGGAAGAGgtatgttctc ... atgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagtgtttgaaaaggaaatgtatttttattaatttctgcatttgaatgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG
                          tattaat  putative branch site (score: 118)
     tttgaaaaggaaatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atcaataaccgaagccagcacatatactttatttcctgaaatcggtagtgtttgaaaaggaaatgtatttttattaatttctgcatttgaatgtgcacagGCATGAGCAATGGCCCCCCTCCACCTGCTTATGGTTACAACGAAGAGTGGGAGGAGGAAGGAGATTATTATAACAGAGGGCGCGGGAGAGGGCGGCTACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG