Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtacatggaaatggttgctatcagaattcacaagttttaaatatggtagcatccaaaacatgcccttttatacagATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAAGTTATGGATGCAACTGGCAATGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G145595_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G145595_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g23610.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaagtacatggaaatggttgctatcagaatt-cacaagttttaaatatggtagcatccaaaacatgcccttttatacagATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAAGTTATGGATGCAACTGGCAATGTG
|| || ||| | ||||  |||||     ||||  |  |   ||   ||| ||  |||  |||| |       || | ||| |||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |
gtgagcacacg-aaatatttgcttctgtaattatatgaaaattgt-tatagttacatataaaataccattgattct-cagGTCAACGTTGTTACACAACGCGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAAGTTATGGACGCAGATGGCAATGCG

upper sequence: GRMZM2G145595_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA07G37050.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtaagtacatg-gaaatggttgctatcagaattcacaagtttt----aaatatggtagcatccaaaacatgcc--ctttta--tacagATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAAGTTATGGATGCAACTGGCAATGTG
||||| |  |  || |  | |    | || |||   |  ||||    |||    |||       |    ||    ||| ||  |||||||  |||| || ||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||| ||||||  ||
gtaagcaattccgacagagatatgcttaggattaggagattttctctaaaggaagtaattgtatatttttgttaacttgtacctacagATTGATGTGGTAACACAGCGTGGTTTTGTTCCTGTGGATGAGCGCATGCGAGTAATCGATGCAAATGGCAAGCTG

upper sequence: GRMZM2G145595_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv05s0077g01210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
--------gtaagtacatggaaatggttgctat------cagaattcacaagttttaaata-tggtagcatcca-aaacatg----cccttttatacagATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAAGTTATGGATGCAACTGGCAATGTG
           |||| ||  |  |  ||  |||      || |||  | |  | || | ||     || ||      |  ||       |||  ||||||||| ||| || |||||||  |||||| |||||||||||||||| |||| ||| || |||||   ||| ||| ||
gtatgtcttctagtatatcaatttaattaatatatttgacaaaatatagagatcttcattaacaaaaggatttttggatgtggaattgttttcctacagATCAGTGTAGTAACACAACGTGGTTTTATTCCTGTTGATGAGCGTATGCGAGTAATTGATGCTGATGGAAATCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13249876|gb|BG360781.1|BG360781
EST:     TCATAGCTACTGGAAGGGCACCCTTCACCAAAGGACTTGGCTTGGAAAAT                         ATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAA
genomic: TCATAGCTACTGGAAGGGCACCCTTCACCAAAGGACTTGGCTTGGAAAATgtaagtacat ... ttttatacagATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcagaattcacaagttttaaatatggtagcatccaaaacatgcccttttatacagATCAATGTCGTTACACAACAAGGTTTTGTTCCTGTTGATGAGCGGATGCAAGTTATGGATGCAACTGGCAATGTG
                                        tgccctttt  CT-rich tract
         acaagttttaaatat  TA-rich tract