Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttgcctgttgactctcctgatgcctgacctgaaaatgagttcagggcatgaaatgacctccttttgttcatgttagaagttctttgccagcagttaaattacgtaatgttcccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143651_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G143651_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g57180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtaagttttgcctgttgactctcctgatgcctgacctgaaaatgagttcagggcatgaaatgacctccttttgttcatgttagaagttctttgccagcagttaaattacgtaatgttcccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT
                         |  |      || | ||| |||    ||||    |||    |||        |   | |     |  |  | ||  | |||  |    | ||   |||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| || || 
-------------------------gccgttacggcttataatcagtcgtaggcaaccgatggggacctacataaacttccacagcaggtgagataaca--tgaat-gcaaccttttggtttttgcagGATTCAGCCTGTTTATGTTGTGGATGTTGCTGCTGCTATTGTCAACTCCCTCAAGGATGACGGCACCAGCATGGGAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCA

upper sequence: GRMZM2G143651_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA13G18950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
-------------------gtaagt--tttgcctgttgactctcctgatgcctgacctg--aaaatgagttcagggcatgaaatgacctccttttgttcatgttagaagttctttgccagcagttaaattacgtaatgttcccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT
                   | || |  | ||    |  |   |  |  | | |    |   ||| ||| ||   |   | |   |  ||   ||  ||||  || ||| ||| ||      |  | |   | | |||      | ||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||  |         | |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || || || 
gtatgtataaatctattaggcaattactatgaacttcaatctttttttttctttttttaccaaagtgaatt-gtgttgttactggttctgacttctttcagctttgaaattcattttttttatctgacaaatgcaat------tattgcagGATCCAACCTGTTTATGTTATTGATGTTGCTGCTGCACTCACTTCACTCTTGAAGGATGATGGCACTAGCATGGGAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32926106|gb|CF030918.1|CF030918
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|32926653|gb|CF031465.1|CF031465
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|7216537|gb|AW562659.1|AW562659
EST:     GCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: GCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|71533831|gb|DR784590.1|DR784590
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|211264901|gb|FK979901.1|FK979901
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|211110877|gb|FL478099.1|FL478099
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCG
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCG
EST: gi|78087119|gb|DV515512.1|DV515512
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTA
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTA
EST: gi|67015444|gb|CO444193.1|CO444193
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|31350209|gb|CD434566.1|CD434566
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|211264900|gb|FK979900.1|FK979900
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|120480121|gb|EH210746.1|EH210746
EST:     TGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|32926481|gb|CF031293.1|CF031293
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|30087962|gb|CB886167.1|CB886167
EST:     GCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: GCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|31348834|gb|CD433191.1|CD433191
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATT
EST: gi|32925514|gb|CF030326.1|CF030326
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|31612342|gb|CD568964.1|CD568964
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|149069993|gb|EE158393.2|EE158393
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|32926805|gb|CF031617.1|CF031617
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|60352887|gb|DN219860.1|DN219860
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|211523598|gb|FL477917.1|FL477917
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTG
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTG
EST: gi|32924876|gb|CF029688.1|CF029688
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|31664373|gb|CD573098.1|CD573098
EST:     TCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|31998441|gb|CD662076.1|CD662076
EST:     CGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: CGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|32925685|gb|CF030497.1|CF030497
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|211110876|gb|FL478098.1|FL478098
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTG
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTG
EST: gi|32925444|gb|CF030256.1|CF030256
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
EST: gi|32925655|gb|CF030467.1|CF030467
EST:     TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAA                         GATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT
genomic: TTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 508

CTGCTACCATGATTGGCACAGAAGATCGAATCCTGAACAGATGGGCACAATTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 811

CTGCTACCATGATTGGCACAGAAGATCGAATCCTGAACAGATGGGCACAATTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 679

CTGCTACCATGATTGGCACAGAAGATCGAATCCTGAACAGATGGGCACAATTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 722

CTGCTACCATGATTGGCACAGAAGATCGAATCCTGAACAGATGGGCACAATTTGCAAAGAATTGGGGTTTCCTCCCGCTTGTTGGTGGTGGATCTACTAAgtaagttttg ... ccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcatgttagaagttctttgccagcagttaaattacgtaatgttcccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT
                                        tgttccctttt  CT-rich tract
                           ttaaattacgtaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttttgcctgttgactctcctgatgcctgacctgaaaatgagttcagggcatgaaatgacctccttttgttcatgttagaagttctttgccagcagttaaattacgtaatgttcccttttgcagGATTCAGCCTGTGTATGTAATCGATGTTGCTGCTGCTATTGTGAACTCCCTGAAGGATGACGGCACTAGCATGGGAAAGATATATGAACTTGGGGGCCCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG