Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgcaagatgttgaataggttgcttgctttgctattggtttgactgtctgaccattttatgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133757_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G133757_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g13694.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtatgtgcaagatgttgaataggttgcttgctttgct--attggtttgactgtctgaccattttatgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC
|||||| |         || | ||||  | |||| |   ||||  || |  |||| |  ||||  |   || |||||||||| ||||||||||||||  | ||||| || || ||||||||| |||||||||| || ||| |||||||
gtatgtactcttctgacaacatgttgaatcctttccatgattgtctttatggtctaataatttcctcgtttcagGACCTTGTGGAACATAATCCACTCGTTGCTGTTGAAGTCCTTTCAAAGTTAATCAACTCGCCTGACATGGATGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395522|gb|EB819689.1|EB819689
EST:     AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
EST: gi|33095887|gb|CF055881.1|CF055881
EST:     GGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: GGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
EST: gi|74237045|gb|DT644959.1|DT644959
EST:     AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
EST: gi|76289048|gb|DV028616.1|DV028616
EST:     AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
EST: gi|60339490|gb|DN206463.1|DN206463
EST:     AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
EST: gi|71443366|gb|DR824416.1|DR824416
EST:     AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
EST: gi|60401226|gb|DN234033.1|DN234033
EST:     AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCT                         GACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA
genomic: AGGATGGGAAGCTACTTAATCATTGTGGAATGACACCACAGAAGCTCCCTgtatgtgcaa ... atgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataggttgcttgctttgctattggtttgactgtctgaccattttatgtctttagGACCTTGTTGAACATAATCCACTTATAGCTGTCGATGTTCTTTCAAAGCTAATCAACTCTCCGGACGTGGATGC
                                gtctgac  putative branch site (score: 3)
                                              tgtcttt  putative PPT
                                        attttatgtcttta  TA-rich tract