Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagcattttggagagttggagacatctctttgcatcttttgttaaaaaatactaataaacattttttttgttctcaattttaaattttccaaattattatggtatatactacaattgttagagctacttgcagATGGCAGAACTCTTAGGACCAAATGAAACAGATGATAGCAGCCTAGCCATTACAGATATATGTCCGAGTAATGATGGCTCATTGGTTGCTGTAGCTATTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G131998_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78091376|gb|DV519750.1|DV519750
EST:     GGACTATGTAAATGGATGTCTCCTTGATACATTTCAAGCCAAAGATAAG                         ATGGCAGAACTCTTAGGACCAAATGAAACAGATGATAGCAGCCTAGCCATT
genomic: GGACTATGTAAATGGATGTCTCCTTGATACATTTCAAGCCAAAGATAAGgtagcatttt ... ctacttgcagATGGCAGAACTCTTAGGACCAAATGAAACAGATGATAGCAGCCTAGCCATT
EST: gi|13149651|gb|BG319973.1|BG319973
EST:     GGGACTATGTAAATGGATGTCTCCTTGATACATTTCAAGCCAAAGATAAG                         ATGGCAGAACTCTTAGGACCAAATGAAACAGATGATAGCAGCCTAGCCATT
genomic: GGGACTATGTAAATGGATGTCTCCTTGATACATTTCAAGCCAAAGATAAGgtagcatttt ... ctacttgcagATGGCAGAACTCTTAGGACCAAATGAAACAGATGATAGCAGCCTAGCCATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaaattttccaaattattatggtatatactacaattgttagagctacttgcagATGGCAGAACTCTTAGGACCAAATGAAACAGATGATAGCAGCCTAGCCATTACAGATATATGTCCGAGTAATGATGGCTCATTGGTTGCTGTAGCTATTC
            aaattattatggtata  TA-rich tract