1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gctttgttgctgtggttatatggtttgctgagttggtttttgccttctttctctttcgtatgtcatttcttgcttgtgaactgtaactattactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCATCCTTAGATATGGTCTCCCTCCATCATTCCTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G128995_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|148963814|gb|EE014911.2|EE014911
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|32907249|gb|CF012062.1|CF012062
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|40334835|gb|CK368905.1|CK368905
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|60338283|gb|DN205256.1|DN205256
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|37401333|gb|CF638029.1|CF638029
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|37377800|gb|CF625543.1|CF625543
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTTTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|33095927|gb|CF055921.1|CF055921
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTACGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|32910284|gb|CF015096.1|CF015096
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|60354564|gb|DN221537.1|DN221537
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGGTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|12972189|gb|BG267858.1|BG267858
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|211151579|gb|FL387831.1|FL387831
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: CAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|60358961|gb|DN225934.1|DN225934
genomic: CAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|24763202|gb|CA398382.1|CA398382
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: CTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|149000733|gb|EE037951.2|EE037951
genomic: CTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|211040893|gb|FL451654.1|FL451654
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|149098810|gb|EE184821.2|EE184821
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|148968977|gb|EE019671.2|EE019671
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|110964923|gb|EE184823.1|EE184823
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: CCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGGTGTTTTTGTAGAGAGEST: gi|40303110|gb|CK347497.1|CK347497
genomic: CCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGC-GTGTCTTTGTAGAGAG
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|149000703|gb|EE037917.2|EE037917
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|148954148|gb|EC899547.2|EC899547
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|67017448|gb|CO446197.1|CO446197
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|32907248|gb|CF012061.1|CF012061
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: TCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|14245311|gb|BG873893.1|BG873893
genomic: TCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|78076481|gb|DV504915.1|DV504915
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|211201056|gb|FL359983.1|FL359983
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|67013699|gb|CO442448.1|CO442448
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|37378328|gb|CF625849.1|CF625849
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACTACACTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|71427969|gb|DR809019.1|DR809019
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AAGCCATGAGGACCACTCTTCTTCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGCGAGgtacttgtct ... tactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
tctttctctttcgtatgtcatttcttgcttgtgaactgtaactattactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCATCCTTAGATATGGTCTCCCTCCATCATTCCTG
ctgtaac putative branch site (score: 3)
taactatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctttgttgctgtggttatatggtttgctgagttggtttttgccttctttctctttcgtatgtcatttcttgcttgtgaactgtaactattactgtacagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCATCCTTAGATATGGTCTCCCTCCATCATTCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA