1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtatgaacctaggtgttattaccatatcttgatgatattcaacccattcttaagatatggtgtcgtagtgctgctgaaaaatcatggttttcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAATTAAAGCAGCAAAAGGGGCAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G115245_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAG AGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAEST: gi|32932138|gb|CF036950.1|CF036950
genomic: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAGgtatgaacct ... tcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATA
EST: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAG AGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAEST: gi|32931064|gb|CF035876.1|CF035876
genomic: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAGgtatgaacct ... tcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATA
EST: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAG AGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAEST: gi|32931909|gb|CF036721.1|CF036721
genomic: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAGgtatgaacct ... tcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATA
EST: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAG AGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAEST: gi|94478920|gb|EB707878.1|EB707878
genomic: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAGgtatgaacct ... tcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATA
EST: TTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCCGAA-G AGAGATCCAGCTACTGEST: gi|32932752|gb|CF037564.1|CF037564
genomic: TTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGC-GAAAGgtatgaacct ... tcttgagcagAGAGATCCAGCTACTG
EST: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAG AGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGCGTTCCTTATGTAATA
genomic: ATTATGCGGTAAAAGCTGCTCATGTGGAGCTTGCTGAGAGGATGCGAAAGgtatgaacct ... tcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATA
attcttaagatatggtgtcgtagtgctgctgaaaaatcatggttttcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAATTAAAGCAGCAAAAGGGGCAAAG
ttttctt CT-rich tract
aaaaatcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgaacctaggtgttattaccatatcttgatgatattcaacccattcttaagatatggtgtcgtagtgctgctgaaaaatcatggttttcttgagcagAGAGATCCAGCTACTGCACCTACTGTTGGTGACCGTGTTCCTTATGTAATAATTAAAGCAGCAAAAGGGGCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG