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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgtactgtaaactggagctcgctggttacactgacagtctgacacacagcttcagtctctgcaattcaacttcgttatctgaaatctgaagatgcgccatgtcatgtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAGAGTCCAACCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G111954_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G111954_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g04990.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
-----gttagtg-----tactgtaaactggagctcgctggttacactga----cagtctg-acacacagcttcagtctctgcaattcaac---ttcgttatctgaaatctgaagatgcgccatgtcatgtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAGAGTCCAACCCAG
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gttatattagtacatattactgaacccttaagctagctagttacatacagcttcagcttggatgcgccattt-agtctctgcaactgaacatttttcttatctaaaacctataaa-----catgtttcatgtgcacagCTTCAACCACTCATGAACAGGATCAAGGAGATTGGAGAAAGCTATGGGAAGAACCCAACCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18170355|gb|BM340195.1|BM340195
EST:     CCCCTACTGGTCCTCGAGCAGACACATACACCCCTGAGTTCCTCGCCAAG                         CTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG
genomic: CCCCTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCGCCAAGgttagtgtac ... gtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG
EST: gi|148936270|gb|EC880348.2|EC880348
EST:     CCCCTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCGCCAAG                         CTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGTTATGGCAAG
genomic: CCCCTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCGCCAAGgttagtgtac ... gtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG
EST: gi|67034494|gb|CO463044.1|CO463044
EST:     CCCCTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCACCAAG                         CTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG
genomic: CCCCTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCGCCAAGgttagtgtac ... gtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG
EST: gi|211142180|gb|FL083863.1|FL083863
EST:     CTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCACCAAG                         CTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG
genomic: CTACTGGTCCTCGAGCAAACACATACACCCCTGAGTTCCTCGCCAAGgttagtgtac ... gtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttagtgtactgtaaactggagctcgctggttacactgacagtctgacacacagcttcagtctctgcaattcaacttcgttatctgaaatctgaagatgcgccatgtcatgtatgtacagCTCCAACCACTTATGAACAGGATTAAAGAGATCGGAGCAAGCTATGGCAAGAGTCCAACCCAG

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