Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggcttatctctgctcctcgttctagtttagctatgatctttagtacttgagccttgtaagacttgatgcttaggtcagttttcctgtgtcttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107639_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107639_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g08270.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
ggcttatctctgctcctcgttctagtttagctatgatctttagtacttgagccttgtaagactt-gatgcttaggtcagtttt----cctgtgtcttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT
  | | |  ||     |      | | ||  ||||    |      |||     ||||  |||| |||| | |  |   ||         |||  |  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |  ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
--ccttttactttctgtaaaataattctacatatggggctat---tttggattctgtataactttgatgttgaacttgcttgcaaaattggtgggtggtctccagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTATTGCTTAGAGGGTAATCACATTGTCAACCTCTTCTCATTCTCGAAGGCTTACGGAATGATGGGCTGGCGT

upper sequence: GRMZM2G107639_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv09s0002g05250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
ggcttatctctgctcctcgttctagtttagctatgatctttagtacttgagccttgtaagacttgatgct--taggtcagttttcctgtgtctt-ttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT
   ||     |      |     ||| ||  | |  |    |||  ||   | |      ||   |  ||  | | | |           | |  ||||||||||||||||||||||||||  |  |||||   ||  |||| | || ||| || || ||| | || || |||||||| || ||||| |||||||| ||||| 
---ttgagattctaggacaaaacagtgtaagtgttctgcccagtgttttcccatgaagcaacagtactctattggattatggaattaacatttggttttgcagGTACTTTATGTATGATGGTCTTAAGCACACATGTGTAGAGGGTGATCACATAGTGAACATTTTTTCCTTCTCAAAAGCCTATGGGATGATGGGATGGCGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148932368|gb|EC876010.2|EC876010
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|67030337|gb|CO459086.1|CO459086
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACNATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTTAGA-GATGCTCATA
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT-AGAAGATGCTCATA
EST: gi|76286951|gb|DV026519.1|DV026519
EST:     ATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTTGACA-TACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
genomic: ATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTT-GACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: gi|148963140|gb|EE014107.2|EE014107
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|67011573|gb|CO440322.1|CO440322
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|149112179|gb|EE295100.2|EE295100
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATAT
EST: gi|149084340|gb|EE173781.2|EE173781
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGGTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
EST: gi|50325408|gb|CO520534.1|CO520534
EST:     GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGA                         GTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT
genomic: GATCTGTGCAAAAATGCTGGTGCATGGCTTGTGGTTGACAATACCTATGAgtaagtcaac ... ttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgagccttgtaagacttgatgcttaggtcagttttcctgtgtcttttttgcagGTACTTTATGTATGATGGAATGGAGCACTACTGCTTAGAAGATGCTCATATTGTCAACCTCTTCTCGTTCTCAAAGGCTTATGGAATGATGGGGTGGCGT
               acttgat  putative branch site (score: 5)
                                 ttttcctgtgtctttt  putative PPT
                                           tctttttt  TA-rich tract