1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaccttggttactccattatatctgtgtgagttgtcatgggtctggatgttctgtagaacacatttttttgtgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCACCACGCCAATCAGATTTACTGATTGAGTTGATCAGGAAGCTGCAGCCTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G098039_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|21809459|gb|BQ667777.1|BQ667777
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|23199735|gb|BU582300.1|BU582300
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAACGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|20208173|gb|BQ134262.1|BQ134262
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|87155600|gb|DY400389.1|DY400389
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|20802934|gb|BQ293984.1|BQ293984
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|26456508|gb|CA828091.1|CA828091
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: CCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCAEST: gi|22549094|gb|BU101295.1|BU101295
genomic: CCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
EST: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAG GGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
genomic: ATTTAACCAGACACTTGCCCAAGCAATGGTTAACATCTTTAGCAATTGAGgtaccttggt ... tgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCA
gtgagttgtcatgggtctggatgttctgtagaacacatttttttgtgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCACCACGCCAATCAGATTTACTGATTGAGTTGATCAGGAAGCTGCAGCCTC
tttttttgt CT-rich tract
atttttttgtgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccttggttactccattatatctgtgtgagttgtcatgggtctggatgttctgtagaacacatttttttgtgaatttcagGGAAGAGCAGATTGTAATCACGCCGATGGTACAGTTACTGTAATTGAGGCACCACGCCAATCAGATTTACTGATTGAGTTGATCAGGAAGCTGCAGCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG