1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tcaaaattcagatgaaacgttgaagctgtgcatttttattgctatagcttgttttgtgataaatgctaatgaattgatcaatccttgtttaccaatgcagATCGGTCTTGACCAGATTGAAGCTCTGTATCAGTATGCCCAATTTCAGTTTGAGTGTGGTAACTACTCAGGGGCTGCTGATTACCTTTACCAGTATGGTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G094083_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTATGATGGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCA ATCGGTCTTGACCAGATTGAAGCTCTGTATCAGTATGCCCAATTTCAGTTTEST: gi|31352223|gb|CD436580.1|CD436580
genomic: GGGTTATGAT-GGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCAgttaagttac ... accaatgcagATCGGTCTTGACCAGATTGAAGCTCTGTATCAGTATGCCCAATTTCAGTTT
EST: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCA GEST: gi|31352223|gb|CD436580.1|CD436580
genomic: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCAgttaagttac ... accaatgcag-
EST: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCA GEST: gi|31352224|gb|CD436581.1|CD436581
genomic: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCAgttaagttac ... accaatgcag-
EST: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCA GEST: gi|31352224|gb|CD436581.1|CD436581
genomic: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCAgttaagttac ... accaatgcag-
EST: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCA G
genomic: TGGGTTATGATGGTGTTGTGGCACTGCTGGTTGCTGATATATCACTTTCAgttaagttac ... accaatgcag-
agcttgttttgtgataaatgctaatgaattgatcaatccttgtttaccaatgcagATCGGTCTTGACCAGATTGAAGCTCTGTATCAGTATGCCCAATTTCAGTTTGAGTGTGGTAACTACTCAGGGGCTGCTGATTACCTTTACCAGTATGGTG
taatgaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaaaattcagatgaaacgttgaagctgtgcatttttattgctatagcttgttttgtgataaatgctaatgaattgatcaatccttgtttaccaatgcagATCGGTCTTGACCAGATTGAAGCTCTGTATCAGTATGCCCAATTTCAGTTTGAGTGTGGTAACTACTCAGGGGCTGCTGATTACCTTTACCAGTATGGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT