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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaattggattgctgatatctgtcatatttttatggtgctggatgcattacttcatgatgagattgaacactaatgattatgcctgattcctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G093050_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G093050_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g03070.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
ttaattggattgctgatatctgtcatatttttatggtgctggatgcattacttcatgatgagattgaacactaat--gattatgcctgattcctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA
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tcagacag--tactggttcttgtgctgtcaatttcgggacttcagttttattaattattaacctgtgacatcaattttattctgactggtttctgtttgtagGACATTGAATCTGATTGTCTCAGTAATCACCTAAGTGTTTTGGCTGATTCTCTAAATAAAGCAAGGAGCCTTATCCATCCACCTGTGAAGAAGCCATCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211153327|gb|FL392714.1|FL392714
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGG-AGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|7227801|gb|AW566442.1|AW566442
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|7135948|gb|AW498348.1|AW498348
EST:     GTGCTATAAAAGTTGGCCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCNCCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211392729|gb|FL395708.1|FL395708
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211201856|gb|FL394599.1|FL394599
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCT
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCT
EST: gi|211443673|gb|FL052834.1|FL052834
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211288444|gb|FL410141.1|FL410141
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGGTCTTGCTGATTC
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGG-TACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTC
EST: gi|211249562|gb|FL389209.1|FL389209
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211443677|gb|FL052838.1|FL052838
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211445786|gb|FL052841.1|FL052841
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211419178|gb|FL428599.1|FL428599
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211273865|gb|FL424030.1|FL424030
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTTAGTG
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTT-AGTG
EST: gi|166604018|gb|EG100820.1|EG100820
EST:     TCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|33097632|gb|CF057592.1|CF057592
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211445790|gb|FL052845.1|FL052845
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211377615|gb|FL429408.1|FL429408
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATANAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAG
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAG
EST: gi|211443675|gb|FL052836.1|FL052836
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTG-TTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|166686831|gb|EG056185.1|EG056185
EST:     TTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTTATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211443674|gb|FL052835.1|FL052835
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATANAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211445789|gb|FL052844.1|FL052844
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGNG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGNTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211445784|gb|FL052839.1|FL052839
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211455849|gb|FL371707.1|FL371707
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTA
EST: gi|211065685|gb|FL394006.1|FL394006
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGC
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGC
EST: gi|211389777|gb|FL378701.1|FL378701
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATANAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGNGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|101389303|gb|EB816606.1|EB816606
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATTTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211168236|gb|FL423103.1|FL423103
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGG-AGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|6654041|gb|AW267446.1|AW267446
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211271605|gb|FL408826.1|FL408826
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGA-GTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211445785|gb|FL052840.1|FL052840
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGGGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|7145426|gb|AW506907.1|AW506907
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|166536199|gb|EG098187.1|EG098187
EST:     ATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: ATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|32931547|gb|CF036359.1|CF036359
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211098231|gb|FL427032.1|FL427032
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|7162285|gb|AW519892.1|AW519892
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGGG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211082383|gb|FL402150.1|FL402150
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211116333|gb|FL427476.1|FL427476
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGNG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGNGATCACCTTAGGGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211484709|gb|FL383652.1|FL383652
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTATTCAGTTTGGGTACTGNG                         GACATAGAATCTGATGGCTT
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGG-TACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTT
EST: gi|211406012|gb|FL414969.1|FL414969
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTG-TTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|7238152|gb|AW573374.1|AW573374
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211527408|gb|FL405478.1|FL405478
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGNG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGNGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211443676|gb|FL052837.1|FL052837
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|6654040|gb|AW267445.1|AW267445
EST:     TTGCTATAAAAGTTGNCCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GNCATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCNCCTTAGTGTTCTTGCTGATT
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATT
EST: gi|211351487|gb|FL422809.1|FL422809
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGNG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGA
EST: gi|211031752|gb|FL369429.1|FL369429
EST:     GCTATAAAAGTTGACCATTTATTCGGGAGTTGGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTC
genomic: GCTATAAAAGTTGACCATTTAT-CGGGAGTTG-TTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATC-ACCTTAGTGTTCTTGCTGATTC
EST: gi|166423989|gb|EG291378.1|EG291378
EST:     CTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGC
genomic: CTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGC
EST: gi|211445792|gb|FL052847.1|FL052847
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211157896|gb|FL375860.1|FL375860
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGGTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|67013371|gb|CO442120.1|CO442120
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTA-GTGATCACCTTAGNNTGT-CT-GCTGNAT
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAG--TGTTCTTGCTG-AT
EST: gi|21987851|gb|BQ779379.1|BQ779379
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTGGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAA
EST: gi|211432185|gb|FL426793.1|FL426793
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211209593|gb|FL396505.1|FL396505
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGNTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATANAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGCGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211008300|gb|FL374933.1|FL374933
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|211382707|gb|FL417978.1|FL417978
EST:     TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCCTTAAGTGATC
genomic: TGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGG-TACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGC-TTAAGTGATC
EST: gi|211445791|gb|FL052846.1|FL052846
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|101381939|gb|EB813027.1|EB813027
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATTTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|87155878|gb|DY400667.1|DY400667
EST:     TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
EST: gi|113659569|gb|DW817250.1|DW817250
EST:     TTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTG                         GACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA
genomic: TTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 479

CTTCTCTGTCGTGGAGAAGATTTCTGTTGATGCTGCCAAACAAAATTTTGTTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 272

CTTCTCTGTCGTGGAGAAGATTTCTGTTGATGCTGCCAAACAAAATTTTGTTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 290

CTTCTCTGTCGTGGAGAAGATTTCTGTTGATGCTGCCAAACAAAATTTTGTTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 256

CTTCTCTGTCGTGGAGAAGATTTCTGTTGATGCTGCCAAACAAAATTTTGTTGCTATAAAAGTTGACCATTTATCGGGAGTTGTTCAGTTTGGTACTGTGgtatgtggtc ... ctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattacttcatgatgagattgaacactaatgattatgcctgattcctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA
                                     cctgattcctcttt  CT-rich tract
                          taatgattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttaattggattgctgatatctgtcatatttttatggtgctggatgcattacttcatgatgagattgaacactaatgattatgcctgattcctctttatagGACATAGAATCTGATGGCTTAAGTGATCACCTTAGTGTTCTTGCTGATTCATTAAATAAAGCAAGGATTCATATCTGTCCACCAGTGAAAAAGCCATCTA

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- - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcctga