Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtatcttgttggattgttggttttgtgtgttctaaacaaagttatggactcggagtatgactagagattaatattaatcactcttcattaatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081682_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G081682_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gttggtatcttgttggattgttggttttg-tgtgttctaaacaaagttatggactcggagtatgactagagattaatattaatcactcttcattaatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG
               |    |  |||||| ||  || |  |      | |  | | ||||||||    ||   |||||  |  |    ||||||  |  |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||
---------------gtagatcagttttgctgcattttgca------tgtaaatttggagtatgttctgaagctaatagaagcc----ttcattggtactgcagCCCAGAGGTTAAAGTGTATGCTTATGGTGCTGCTCAAGTTAAGAAAGCTTTAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31349785|gb|CD434142.1|CD434142
EST:     ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: gi|33092171|gb|CF052165.1|CF052165
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: gi|74245361|gb|DT653275.1|DT653275
EST:     ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCG
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCG
EST: gi|74232804|gb|DT640718.1|DT640718
EST:     ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACCGCACAGCTCTTTATGCATCCACGTTACATGCATGGCGCTGCTACGAGgttggtatct ... aatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggactcggagtatgactagagattaatattaatcactcttcattaatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG
                 tagagattaatattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtatcttgttggattgttggttttgtgtgttctaaacaaagttatggactcggagtatgactagagattaatattaatcactcttcattaatgttgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCTTATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG