Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctatattcaatcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgcttgttcttatatgatacttgattgttgtgttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G079236_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-tctatattcaatcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgctt---gttcttatatgatacttgattgttgtgttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT
   || || || |    |||   |   |||| ||| | |  ||  ||| |  | ||| |||| ||   ||||||||    |  |  |||    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
gagtacatgcactatgctataatgtg-atgagcttccttt-tattgtatgtcgctgcatttgtttttggttcttatgcagttttgaattacc-tgt-gctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTT

upper sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA20G07280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
tctatattcaatcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgcttgttcttata----tgatacttgat-tgttgtgttgctg-cagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT
   | || ||     |  |  |   |       |   ||||||  |    |    |||||  || | | | ||    |||   |   | | ||   ||| ||  || |  ||  | || ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| || || ||| | || |||||||||   |||||||| |||||||||||||| |||
---aaatacaggaagagtttcactgtcccggagt---tgataaatttgatttacaccttttattatccatttagtgttgaagttctctatatttacttgttgatagGGCTCCTATTGGGCAAGGATATGGCTTGACTGAAACATTTGCTGGGGCTGCCTTCTCAGAGTGGGATGACTACAGTGTGGGACGTGTTGGTCCACCTCTT

upper sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA13G11700.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
tctatattca-atcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgcttgttcttatatgatacttgattgttgtgttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT
|  ||   || |      | | ||  | | |   | || |||  | |||  | |    |   | |  | |||| | || ||  ||  ||   |      || |  ||  | || ||||| ||||| ||||||||||| | |||||| || || ||| | || |||||||||   |||||||| |||||||||||||| |||
ttgattcacacaaaattcaggaagagtttcactgtcccggatttgataaa-tttgatttacaccttgtattatcttattctctatatttacttgttgatagGGCTCCTATTGGGCAAGGATATGGCTTGACTGAAACATTTGCTGGGGCTGCCTTCTCGGAGTGGGATGACTACAGTGTGGGACGTGTTGGTCCACCTCTT

upper sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv12s0057g01270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
--tctatattcaatcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgcttgttcttatatgatacttgattgttgtgt-tgctgc-agTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT
    | |  |  |    || |  |   |  ||||| | ||    ||||||     | ||| |     |   ||| || |   |  |   | ||  ||||   || |  ||  | |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| || ||    |||||| ||| |||||| | |||||| || || |||
tcagtgtgatggaagctatctagaagtttagaactatact----aggtaattgtctacctctaacaatgggtatgtggtttatattctgtatgaatgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACTTTTACAGAGCCAGATGACCCAAATGTGGGGCATGTTGGACCGCCCCTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211220660|gb|FL342324.1|FL342324
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|211234597|gb|FL315442.1|FL315442
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|211396222|gb|FL320944.1|FL320944
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|211281066|gb|FL309975.1|FL309975
EST:     CAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: CAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|67024251|gb|CO453000.1|CO453000
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|211514853|gb|FL332912.1|FL332912
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTRGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|32837075|gb|CD976753.1|CD976753
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|211218465|gb|FL333878.1|FL333878
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|32838733|gb|CD978414.1|CD978414
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
EST: gi|211067389|gb|FL344088.1|FL344088
EST:     GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGG                         TGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 301

AACCAATACGGGCAATGCTTGGAGGACGTGTAAGATTTGTTCTTTGTGGTGGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 397

AACCAATACGGGCAATGCTTGGAGGACGTGTAAGATTTGTTCTTTGTGGTGGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 338

AACCAATACGGGCAATGCTTGGAGGACGTGTAAGATTTGTTCTTTGTGGTGGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 445

AACCAATACGGGCAATGCTTGGAGGACGTGTAAGATTTGTTCTTTGTGGTGGTGCACCTTTATCAGGTGACACACAAAGATTCATGAATATATGTCTAGGgtaatgtctt ... gttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaggtgttgcctttgcttgttcttatatgatacttgattgttgtgttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT
                                acttgat  putative branch site (score: 445)
                       ttatatgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctatattcaatcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgcttgttcttatatgatacttgattgttgtgttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT

- - - - - - - -atatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttgt