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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttctttacctgataggtttatgagacaatcttgcatattttgatgcaaataaggtatgttaatttggtatttctatggccatgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTACACAAAGAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077233_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G077233_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g18630.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtatgttctttacctgataggtttatgagacaatcttgca--tattttgatgcaaataag-gtatgttaat------------ttggtatttctatggccatgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTACACAAAGAATG
||| |||| | |||| | ||  |||||| || ||  ||||  |||   |  | |||| |  |||| ||  |            ||| | |||  ||| | |||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||  | ||||| ||||||||
gtaggttcatcacctaacagacttatgaaactattgtgcacgtatacagtagaaaatgactgtatttttgtaaggaagaatgtttgatgttttgatgtctatgctttccagATAGCATGCTACTTACACCACAGGTACAAGTCAAAAGGGTCGAGCAGTTACAAAAAGAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6989633|gb|AW447846.1|AW447846
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCATAAATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211307069|gb|FL384798.1|FL384798
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211068181|gb|FL270394.1|FL270394
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|8367213|gb|BE050158.1|BE050158
EST:     ATCCAAGTGCTACTTTTCN                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211099804|gb|FL386854.1|FL386854
EST:     CACTGGAAGCTCCAACTTTGTGGGT-CCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACNAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: CACTGGAAGCTCCAACTT-GTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|78179156|gb|DV549529.1|DV549529
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCATAAATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211068177|gb|FL270390.1|FL270390
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|76291015|gb|DV030583.1|DV030583
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211260811|gb|FL015518.1|FL015518
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211501660|gb|FL380192.1|FL380192
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACNAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211504863|gb|FL422036.1|FL422036
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211068182|gb|FL270395.1|FL270395
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACGAGTCAACCAAGTCGAA-ACCTTA
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGAC-TTA
EST: gi|211373714|gb|FL377783.1|FL377783
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211263239|gb|FL015521.1|FL015521
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|32848977|gb|CD988658.1|CD988658
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAGGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211541914|gb|FL379334.1|FL379334
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211065421|gb|FL270385.1|FL270385
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|32851441|gb|CD991122.1|CD991122
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATTGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211260809|gb|FL015516.1|FL015516
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211384115|gb|FL248478.1|FL248478
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGN-TTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211065425|gb|FL270389.1|FL270389
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211429217|gb|FL412881.1|FL412881
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211276938|gb|FL386932.1|FL386932
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211206833|gb|FL384246.1|FL384246
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGM-TTNA
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTT-A
EST: gi|211260810|gb|FL015517.1|FL015517
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211263238|gb|FL015520.1|FL015520
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211068178|gb|FL270391.1|FL270391
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|67034446|gb|CO462996.1|CO462996
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCATAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211448105|gb|FL406311.1|FL406311
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCGTGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|101393193|gb|EB818527.1|EB818527
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
EST: gi|211526836|gb|FL377024.1|FL377024
EST:     ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCG                         ATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC
genomic: ACACTGGAAGCTCCAACTTGTGGGTTCCCTCATCCAAGTGCTACTTTTCGgtatgttctt ... tgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttgatgcaaataaggtatgttaatttggtatttctatggccatgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTACACAAAGAATG
                    tgttaat  putative branch site (score: 3)
                      ttaatttggtattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttctttacctgataggtttatgagacaatcttgcatattttgatgcaaataaggtatgttaatttggtatttctatggccatgtattacagATAGCATGCTACTTACACCACAGATACAAGTCAACCAAGTCGAAGACTTACACAAAGAATG

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