Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagattcccatccggataatctggctgactttatggtcagatgttccaagttccagtggattaaacacacctgtgcctggcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070218_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070218_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g51410.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
------------------------------------------------------gtaagattcccatccggataatctggctgactttatggtcagatgttccaagttccagtggattaa---acacacctgtgcctggcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG
                                                      |  || ||    | ||    ||     | |  | ||| |       ||||  || |  || ||  |   ||| |  |||   ||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||
gtataacttcacaagtttttcgcaaatccgcgctttcccatttagagaatatgtgctaggttat-gtgcgacacattacttttaagtaatgcttgataactccatttttccctgcatagaataacatatatgtttttggaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGACATTGCTATTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60358208|gb|DN225181.1|DN225181
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|50324617|gb|CO519743.1|CO519743
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|60338581|gb|DN205554.1|DN205554
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|211208198|gb|FL442564.1|FL442564
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|211208197|gb|FL442563.1|FL442563
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAAC
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAAC
EST: gi|148966442|gb|EE017448.2|EE017448
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTTTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|166678060|gb|EG120432.1|EG120432
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTC
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTC
EST: gi|86468677|gb|DY235047.1|DY235047
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|149095243|gb|EE180868.2|EE180868
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTTTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTTTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|60337499|gb|DN204472.1|DN204472
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|78073864|gb|DV502298.1|DV502298
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTTTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|211026346|gb|FL457625.1|FL457625
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTYTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|60354260|gb|DN221233.1|DN221233
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|60337794|gb|DN204767.1|DN204767
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|93281433|gb|EB673697.1|EB673697
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTTTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTTTTTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
EST: gi|86466258|gb|DY232630.1|DY232630
EST:     GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAG                         AGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG
genomic: GCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 143

GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 150

GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 143

GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 133

GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCAAATGCAGATGTAAGGGTTTCTCTGGAAGgtaagattcc ... gcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtcagatgttccaagttccagtggattaaacacacctgtgcctggcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG
                         attaaaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagattcccatccggataatctggctgactttatggtcagatgttccaagttccagtggattaaacacacctgtgcctggcatttgcagAGATTGCATGTAAACAAGGTCATGATGATGTCTCTAAGCTGACACCTACTGATATTGCAATTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA