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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aggacaatgccagaatgattaaataaatttgaattggaggggggtagtacctattcaaccttgattttacgtatttgataactcgtgttgctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATACATTAAAGTTGAAAAGGTTCCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069765_T05
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069765_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g34690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
aggacaatgccagaatgattaaataaatttgaattggaggggggtagtacctattcaaccttgattttacg---tatttgataactcgtgttgctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATACATTAAAGTTGAAAAGGTTCCTG
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--gtaagtatttcttttattcaa--gatttgagtgccacacaacttctcggttaagtgtgttcagtttatagtttatctgacgtcttgttgtactatgctcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTAGGTCAAGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATATATCAAAGTGGAGAAGGTTCCTG

upper sequence: GRMZM2G069765_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA16G33380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
aggacaatgccagaatgattaaataaatttgaatt--ggaggggggtagtacctattcaaccttgattttacgtatttgataactcgtgttg-ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATACATTAAAGTTGAAAAGGTTCCTG
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--gctaat-caagagtcgataattattatagccttctgcaattacatagcatttttggatctattgatttatgtatcacatattgttccttggttacttccagGACTTGGCTATTGATGCTACTACAACAGTAGGTGTTGAGGTTGGCCAAGGTTTGAGAGATGTGGATATTAAAAATTATATCAAAGTTGAGAAGGTCCCAG

upper sequence: GRMZM2G069765_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA09G28650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
aggacaatgccagaatgatta-aataaatttgaattggaggggggtagtacctattcaaccttgattttacgtatttgataactcgtgttg-ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATACATTAAAGTTGAAAAGGTTCCTG
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--gctaattgagtgttgataataattatagccttctgaaattacatagaatttctggatctgttgatttatgtatcatatattcttccttggttacttccagGACTTAGCTATTGATGCTACTACAACAGTAGGTGTTGAGATTGGCCAAGGTTTGAGAGATGTAGATATTAAAAATTATATTAAAGTTGAGAAGGTCCCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60358233|gb|DN225206.1|DN225206
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|211227330|gb|FL136768.1|FL136768
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|32930780|gb|CF035592.1|CF035592
EST:     ACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: ACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|22472423|gb|BU036903.1|BU036903
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|67025927|gb|CO454676.1|CO454676
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|76014861|gb|DT942031.1|DT942031
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|19350690|gb|BM895222.1|BM895222
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACA-CAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|20802750|gb|BQ293800.1|BQ293800
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|67013717|gb|CO442466.1|CO442466
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGCGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|211229394|gb|FL136782.1|FL136782
EST:     AGCTCCAT-GGNTACGAAAATCACTGGCCAGTTTGGGTGACCTTANTGCT                         GACCTTGCTATTTGATGCTACTACCACAGCCGGGGTTTGACCTTGGTCCAG
genomic: AGCTCCATTGG-TACGAAATTCACTGGCCAGTTTGG-TGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATT-GATGCTACTACAACAGCAGGTGTT-GACCTTGGTC-AG
EST: gi|87153647|gb|DY398436.1|DY398436
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACT
EST: gi|31354825|gb|CD439182.1|CD439182
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGCGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|148949761|gb|EC895244.2|EC895244
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|33093977|gb|CF053971.1|CF053971
EST:     GGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: GGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|33094806|gb|CF054800.1|CF054800
EST:     GGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: GGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|31354218|gb|CD438575.1|CD438575
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|22542007|gb|BU092445.1|BU092445
EST:     AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: AGAGCTCCATTGGTACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
EST: gi|32933658|gb|CF038470.1|CF038470
EST:     ACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCT                         GACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT
genomic: ACGAAATTCACTGGCCAGTTTGGTGACCTTATTGCTgtaagcatct ... ctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtacctattcaaccttgattttacgtatttgataactcgtgttgctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATACATTAAAGTTGAAAAGGTTCCTG
                              tgataac  putative branch site (score: 2)
                          tatttgataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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aggacaatgccagaatgattaaataaatttgaattggaggggggtagtacctattcaaccttgattttacgtatttgataactcgtgttgctgtattcagGACCTTGCTATTGATGCTACTACAACAGCAGGTGTTGACCTTGGTCAGGGTATGCGTGAAGTTGATATCAAGAAATACATTAAAGTTGAAAAGGTTCCTG

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