1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
...tagagaggtctatatgtttctgtcagtatgattgtgttatgattatatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G064023_T03 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|76287895|gb|DV027463.1|DV027463
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|4609628|gb|AI600467.1|AI600467
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|149082725|gb|EE171943.2|EE171943
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|71450120|gb|DR831170.1|DR831170
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|31361054|gb|CD445411.1|CD445411
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCTCTATCAAAGGAATTGCTTGAGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|213174510|gb|FM184748.1|FM184748
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|149077813|gb|EE166538.2|EE166538
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|211269893|gb|FL099813.1|FL099813
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCNTCC-AGTAACTGCACATCCTATGEST: gi|32859373|gb|CD999054.1|CD999054
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTC-TCCCAGTAACTGCACATCCTATG
EST: GCAAGGTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGAEST: gi|149090362|gb|EE179668.2|EE179668
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
EST: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAG CTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTCCCAGgtattttgac ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGA
tatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG
aattaat putative branch site (score: 3)
ataattaatatggtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagagaggtctatatgtttctgtcagtatgattgtgttatgattatatgctctatcttgccactttgctctctagtagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGGCAATAGATGCTCTCCCAGTAACTGCACATCCTATGACACAGTTTACCACGGGAGTAATGGCTCTTCAG
- - - - - - - tgtttct
- - - - - - - - - - - - - -atgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtagctg