Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcgagaaatctatatatttctgttagtatgattgtgttaagtttatatgttcgatcttgccactttgctctctagcagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T04
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
tcgagaaatctatatatttctgttagtatgattgtgttaagtttatatgttcgatcttgccactttgctctctagcagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG
| | ||   ||  ||||   | |     |   |    | |   ||| |   | |  | || |||  |||| |       ||| |  | |||||| |||||  ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| 
tagggagtactgcatataaatttggacttctataaactgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcagGCCATGTGTATAAGGCAATTGATGCTCTCCCTGTAACTGCTCATCCAATGACACAGTTTACCACAGGGGTGATGGCACTTCAA

upper sequence: GRMZM2G063851_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
--tcgaga--aatctatatatttctgttagtatgattgtgttaagtttatatgttcgatcttgccactttgctctctagcagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG
  ||  |       || | |||| || |  | | |   |         || |   | |  |  | |||| || ||    |   |||    | ||| || ||||| |||||| ||| || |||| |||||||| || |||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
tctcagggctgcattacaaatttgtgcttctgtaaacatacgg----catgttacccacttacctacttggcacttattcgattgacttatgatacggatgcagGTCATGTGTATGAGGCAATCGATGCTCTTCCTGTAACTGCTCATCCGATGACCCAGTTTACCACAGGAGTGATGGCACTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51592469|gb|CV071615.1|CV071615
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|211131287|gb|FL186946.1|FL186946
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|21480820|gb|BQ577503.1|BQ577503
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|211131286|gb|FL186945.1|FL186945
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|32868179|gb|CF007861.1|CF007861
EST:     GCAAGGTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|78109451|gb|DV527867.1|DV527867
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|67040702|gb|CO466957.1|CO466957
EST:     GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
genomic: GCAAGTTGATGCACTATCAAAGGAATTGCTTGCGCGCTCAACTGTTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGA
EST: gi|74035022|gb|DT535512.1|DT535512
EST:     AGTTGATGCACTATCAAAGGAAATTGCTTTGCGCGCTCAACTGGTTCCAG                         CTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAG
genomic: AGTTGATGCACTATCAAAGGAA-TTGCTT-GCGCGCTCAACTG-TTCCAGgtattctgtg ... atggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgttcgatcttgccactttgctctctagcagctgataattaatatggttgcagCTCATGTCTATAAGACAATAGATGCTCTCCCAGTAGATGCACATCCTATGACACAGTTTACCACAGGAGTAATGGCTCTTCAG
                                      aattaat  putative branch site (score: 3)
                                    ataattaatatggtt  TA-rich tract