1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tgtgataagagatctactgcagctgttgccttcctatttgatggatagggagagtataggagatctggtggagatgctctaacacgcctcacatatccagGTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTGATGGAGGACAAGAGGAGCCTTGCATCTGAAGATGAACTTGCTAATGTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G057037_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAG GTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTGEST: gi|32928212|gb|CF033024.1|CF033024
genomic: GACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAGgtttgactct ... acatatccagGTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTG
EST: TAGCCCTTGGCTTTGACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAG GTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTGEST: gi|32931691|gb|CF036503.1|CF036503
genomic: TAGCCCTTGGCTTTGACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAGgtttgactct ... acatatccagGTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTG
EST: TAGCCCTTGGCTTTGACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAG GTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTGEST: gi|211467049|gb|FL315139.1|FL315139
genomic: TAGCCCTTGGCTTTGACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAGgtttgactct ... acatatccagGTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTG
EST: TTGACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCTTCTCACAAG GTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTG
genomic: TTGACAACAGAACTCGACTCTATCTTGCATCTCACAAGgtttgactct ... acatatccagGTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtgataagagatctactgcagctgttgccttcctatttgatggatagggagagtataggagatctggtggagatgctctaacacgcctcacatatccagGTATATGGTGGAGAAGCCAGGATCTCTAGCTTGCGCAAACTATTTCCGTTGATGGAGGACAAGAGGAGCCTTGCATCTGAAGATGAACTTGCTAATGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG