1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...actcgttaagtcagaggatgacagctctgtttccaatctagcataatcttgttttatggtgtatgttgtgctgatatatatctgcccgcttcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTTACGGTCTTCGATCGCTCTGTTCTTGTTTCCAACGGACTTGTTCATGGAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G051276_T01 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGATGGTGGAGAGTTTEST: gi|32921409|gb|CF026221.1|CF026221
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTT
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGATGGTGGAGAGTTTEST: gi|32849542|gb|CD989223.1|CD989223
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTT
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTTEST: gi|32921295|gb|CF026107.1|CF026107
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTT
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGATGGTGGAGAGTTTEST: gi|19351081|gb|BM895613.1|BM895613
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTT
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACEST: gi|19350801|gb|BM895333.1|BM895333
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGAC
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGEST: gi|89106256|gb|DY576473.1|DY576473
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGG
EST: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTG ATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGAC
genomic: CTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagttatag ... tcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGAC
atcttgttttatggtgtatgttgtgctgatatatatctgcccgcttcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTTACGGTCTTCGATCGCTCTGTTCTTGTTTCCAACGGACTTGTTCATGGAC
tgctgat putative branch site (score: 101)
tctgcccgcttcttc putative PPT
tgatatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actcgttaagtcagaggatgacagctctgtttccaatctagcataatcttgttttatggtgtatgttgtgctgatatatatctgcccgcttcttcgacagATAGTAGAGGAAGCTGGTGGGGTGGTAACTCGCATGGACGGTGGAGAGTTTACGGTCTTCGATCGCTCTGTTCTTGTTTCCAACGGACTTGTTCATGGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - -tctgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcccgc