Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaataccctcaaccaagatttaacattctttcttgtttgagttttttcgcattatgtttatgctctttccatggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G048371_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G048371_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gcaataccctcaaccaagatttaacattctttcttgtttgagttttttcgcattatgtttatgctctttccatggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG
||| |   || ||| |||||||    |  ||   ||| |   |  |   |   | |  | |||  || |  ||   |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||
gcagtgatctgaactaagattt--tctcattctatgtgttgctcataaagttatttaatgatgtgctctatat---tgcagGAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67016579|gb|CO445328.1|CO445328
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|5555521|gb|AI881472.1|AI881472
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|60340424|gb|DN207397.1|DN207397
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|6021395|gb|AW066323.1|AW066323
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|29130133|gb|CB380837.1|CB380837
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCT
EST: gi|67011307|gb|CO440056.1|CO440056
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|211377302|gb|FL186755.1|FL186755
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|33095703|gb|CF055697.1|CF055697
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTT
EST: gi|22491087|gb|BU051010.1|BU051010
EST:     TCAATGTCATCAACGGNGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGC
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGC
EST: gi|211435197|gb|FK988707.1|FK988707
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCATGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGG
EST: gi|61118137|gb|DN559098.1|DN559098
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|211377303|gb|FL186756.1|FL186756
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|76294188|gb|DV033756.1|DV033756
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67024050|gb|CO452799.1|CO452799
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|211425250|gb|FL005768.1|FL005768
EST:     CATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: CATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31354997|gb|CD439354.1|CD439354
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|211429985|gb|FK988672.1|FK988672
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTA
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTA
EST: gi|32919907|gb|CF024719.1|CF024719
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTT
EST: gi|67026276|gb|CO455025.1|CO455025
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67023203|gb|CO451952.1|CO451952
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67011056|gb|CO439805.1|CO439805
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31353433|gb|CD437790.1|CD437790
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|22521214|gb|BU080025.1|BU080025
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31359544|gb|CD443901.1|CD443901
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31353535|gb|CD437892.1|CD437892
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67022401|gb|CO451150.1|CO451150
EST:     TGGTTCCCNATGCTGG-AACAANCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TGGTTCCC-ATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|6626409|gb|AW257941.1|AW257941
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCCTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGG
EST: gi|213179295|gb|FM184302.1|FM184302
EST:     GGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: GGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31361447|gb|CD445804.1|CD445804
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|21987719|gb|BQ779247.1|BQ779247
EST:     CAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: CAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67011708|gb|CO440457.1|CO440457
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|87152151|gb|DY396940.1|DY396940
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAG
EST: gi|28909554|gb|CB330988.1|CB330988
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGATTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTT
EST: gi|20301520|gb|BQ164463.1|BQ164463
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67030419|gb|CO459168.1|CO459168
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|76281562|gb|DV021130.1|DV021130
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67010780|gb|CO439529.1|CO439529
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67040510|gb|CO466765.1|CO466765
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|28930891|gb|CB334252.1|CB334252
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGGTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGCTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCT
EST: gi|211131238|gb|FL066390.1|FL066390
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|32809865|gb|CD962099.1|CD962099
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTA
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTA
EST: gi|22521582|gb|BU080393.1|BU080393
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67021372|gb|CO450121.1|CO450121
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAG-AGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|74234275|gb|DT642189.1|DT642189
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|34391122|gb|CF384350.1|CF384350
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTA
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTA
EST: gi|22819010|gb|BU499100.1|BU499100
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATT
EST: gi|32915417|gb|CF020229.1|CF020229
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|29577151|gb|CB617263.1|CB617263
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31351690|gb|CD436047.1|CD436047
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67015783|gb|CO444532.1|CO444532
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|211435185|gb|FK988695.1|FK988695
EST:     AATGTCATCAAACGGGGGTTCCCATGCTGGAAAACA-GCTTGCTATGCAG                         GAGGTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTA
genomic: AATGTCATCAA-CGGTGGTTCCCATGCTGGAAA-CAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTA
EST: gi|32909266|gb|CF014078.1|CF014078
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATG
EST: gi|211435191|gb|FK988701.1|FK988701
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67016494|gb|CO445243.1|CO445243
EST:     GAAACATGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: GAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67015750|gb|CO444499.1|CO444499
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|60355296|gb|DN222269.1|DN222269
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|13558380|gb|BG549736.1|BG549736
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67023954|gb|CO452703.1|CO452703
EST:     CTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: CTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|29130656|gb|CB381360.1|CB381360
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTT
EST: gi|6564073|gb|AW231695.1|AW231695
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGT-CCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31349581|gb|CD433938.1|CD433938
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|14204206|gb|BG837883.1|BG837883
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGG-TCCCATGCTMGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31358035|gb|CD442392.1|CD442392
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAGACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|84980804|gb|DW531153.1|DW531153
EST:     AAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: AAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31353699|gb|CD438056.1|CD438056
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|31350995|gb|CD435352.1|CD435352
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|5296087|gb|AI782962.1|AI782962
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTT
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTT
EST: gi|32864127|gb|CF003809.1|CF003809
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|211377301|gb|FL186754.1|FL186754
EST:     CAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: CAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|67038520|gb|CO464838.1|CO464838
EST:     TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAG                         GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAACGGTGGTTCCCATGCTGGAAACAAGCTTGCTATGCAGgcaataccct ... atggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctttcttgtttgagttttttcgcattatgtttatgctctttccatggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG
                                     ctctttccat  CT-rich tract
                         attatgtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaataccctcaaccaagatttaacattctttcttgtttgagttttttcgcattatgtttatgctctttccatggatgcagGAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG