Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043198_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-----gtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatgg---------------------atgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG
      | | |  || ||| ||||         || |||||  | ||| ||||| |||  ||  ||| ||| ||| ||   ||| ||| ||                       |||||||||||| | |||| |||||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
gtatgctgtatagttgtattgatttcgtagtaggatgagttttatttggtcaggtttcggtttctggtttgcctggaagagtttatttctgatggctgctttcatttttctatgtgtagATAGAGCAAGAAGGAAAAGATGTTACAATTACCGCATTCTCCAAGATGGTCGGATATGCTCTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31356807|gb|CD441164.1|CD441164
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32801932|gb|CD954168.1|CD954168
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATGGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|110221099|gb|EC902997.1|EC902997
EST:     CTGGTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|71431245|gb|DR812295.1|DR812295
EST:     CTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|148928998|gb|EC874173.2|EC874173
EST:     GCCTTCCGATTGGAAAGGGTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCCCTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: GCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32788226|gb|CD940462.1|CD940462
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|76282095|gb|DV021663.1|DV021663
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|31349832|gb|CD434189.1|CD434189
EST:     CTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTCTT                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|67038743|gb|CO464998.1|CO464998
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60396979|gb|DN229798.1|DN229798
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|463331|gb|T18298.1|T18298
EST:     CTNCTGAGGTACTTNATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32801690|gb|CD953926.1|CD953926
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|31349833|gb|CD434190.1|CD434190
EST:     TTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTATG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: TTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|6031329|gb|AW076186.1|AW076186
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|32802072|gb|CD954308.1|CD954308
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|71432758|gb|DR813808.1|DR813808
EST:     ATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: ATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|44900498|gb|CK827043.1|CK827043
EST:     TGCTGAGGTACTTGATTTCTAGCTTCTCCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: TGCTGAGGTACTTGA-TTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|60340970|gb|DN207943.1|DN207943
EST:     GGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: GGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
EST: gi|5566870|gb|AI881781.1|AI881781
EST:     CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAG                         ATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG
genomic: CTGCTGAGGTACTTGATTCTAGCTTCTGCCTTCCGATTGGAAAGGCTAAGgtatgttctt ... atggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG
                                    tctttttttat  CT-rich tract
                                 aaatctttttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttcttatatcgattaatggaagtgaagagttcaaattgatcaggcttcccttgatggattgtctgcaaatctttttttatggatgtagATAGAGCGACAAGGGAAAGATGTCACTATCACTGCATTCTCCAAAATGGTGGGATATGCCCTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG