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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtaattgagcagcttcttacatacaaataagtaatgagcttgtaatttactaactgttatttatcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035417_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60356802|gb|DN223775.1|DN223775
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCC
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCC
EST: gi|5739686|gb|AI947481.1|AI947481
EST:     TTCCAGGTGCTGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGCCAGCTTCCNCAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|28983432|gb|BQ538616.2|BQ538616
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|61117480|gb|DN558441.1|DN558441
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|5932681|gb|AW057042.1|AW057042
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|60354372|gb|DN221345.1|DN221345
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|120480604|gb|EH210908.1|EH210908
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCATTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|93283697|gb|EB675961.1|EB675961
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|17929739|gb|BM266651.1|BM266651
EST:     TCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|60353833|gb|DN220806.1|DN220806
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|33102654|gb|CF062614.1|CF062614
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|33095687|gb|CF055681.1|CF055681
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|78024018|gb|DV492405.1|DV492405
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|60339492|gb|DN206465.1|DN206465
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|78121957|gb|DV540341.1|DV540341
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|18167512|gb|BM337351.1|BM337351
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|33091803|gb|CF051797.1|CF051797
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCGAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|24767328|gb|CA402472.1|CA402472
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|61117483|gb|DN558444.1|DN558444
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|16925169|gb|BM078237.1|BM078237
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|5847201|gb|AW000280.1|AW000280
EST:     TTCCAGGTGCTGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|5325104|gb|AI783295.1|AI783295
EST:     TTCCAGGTGCTGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|61117482|gb|DN558443.1|DN558443
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|60347941|gb|DN214914.1|DN214914
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCGTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|211521982|gb|FL195244.1|FL195244
EST:     TTCCAGGTGCTGGATCTGGTGCCCTTGATGSCTTGCGACA-STTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|211377507|gb|FL195230.1|FL195230
EST:     TCCAGGTGCTGCATCTGGTGCCCTTGAAWGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTG-ATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|18179525|gb|BM380735.1|BM380735
EST:     TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
EST: gi|211524979|gb|FL195247.1|FL195247
EST:     TTCCAGGTGCTGGATCTGGTGCCCTTGATGCCTTGCGACA-STTCCACAG                         TTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
genomic: TTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 618

GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 900

GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 986

GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 591

GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAGGATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattg ... tcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatacaaataagtaatgagcttgtaatttactaactgttatttatcctcttcagTTTCAAGCACTCCTTCAGTTAGTCCAGGCTAATCCTCAAATCTTGCAG
                             tactaac  putative branch site (score: 591)
                                      ttatttatcctcttc  putative PPT
                        taatttactaactgtt  TA-rich tract