Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcataatctaacttcctgcaatgtttattcatacatttagattactgatggctaagcagtaagtggttgcacttaatgtattatttgctctcattttcagTTGGCAATTGGTCTGGTTGTTGCGTTGAATTATCGAAATCCGTTTCTGAGTCCCTATGATGAATTCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G032222_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G032222_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os10g37210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
---------tcataatctaacttcctgcaatgtttattcatacatttagattactgatggctaagcagtaagtggttgcacttaatgtattatttgctctcat-tttcagTTGGCAATTGGTCTGGTTGTTGCGTTGAATTATCGAAATCCGTTTCTGAGTCCCTATGATGAATTCCAG
         | |   | |||||| ||    | |||   |  | |||| |||||||      | | |  | ||||||     ||| | |||  | |||||| || |||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||  |||| || || ||||||||||||
cagagtggataaatgtataacttgctcagttttttccccggaaattttgattact------ttatcgcttagtggt---gtttactttatc-tctgctctgatatttcagTTAGCGATAGGTCTGGTTGTTGCCTTGAACTATCAAAATCCTTTCATGAGCCCATACGATGAATTCCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatggctaagcagtaagtggttgcacttaatgtattatttgctctcattttcagTTGGCAATTGGTCTGGTTGTTGCGTTGAATTATCGAAATCCGTTTCTGAGTCCCTATGATGAATTCCAG
                                      tttgctctcattttc  CT-rich tract
                         acttaatgtattattt  TA-rich tract