1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tgcagatatgcgaatttgttcataattatagcctttgctatcattgttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G020574_T06 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|71762996|gb|DR960933.1|DR960933
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|211186565|gb|FL127373.1|FL127373
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|87152514|gb|DY397303.1|DY397303
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|24764606|gb|CA399770.1|CA399770
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|76917345|gb|DV166780.1|DV166780
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGGGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|6448394|gb|AW181160.1|AW181160
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|71440171|gb|DR821221.1|DR821221
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|211425519|gb|FL467622.1|FL467622
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTATGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|89764185|gb|DY691083.1|DY691083
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: TGTTTTTGTGCC GEST: gi|89764185|gb|DY691083.1|DY691083
genomic: TGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacag-
EST: TGTTTTTGTGCC GEST: gi|22489496|gb|BU049419.1|BU049419
genomic: TGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacag-
EST: TGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|18659370|gb|BM500302.1|BM500302
genomic: TGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|71759763|gb|DR957700.1|DR957700
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGEST: gi|17970064|gb|BM276831.1|BM276831
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAGCAAGAGTACAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtattg ... aattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTG
gttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT
ttctaat putative branch site (score: 2)
ttctaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcagatatgcgaatttgttcataattatagcctttgctatcattgttgtcaccgctgaatgtttctgtttggactttaaagtgacttctaattacacagGTGTGGTCACATGTGTTGCTGTGTGGCATGCTCTTCACATTTGACGAACTGCCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTCAGAACCTTCCGCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG