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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactaagatcttcattcctaatgcatttattctgttttacaaatttatagtcaactgtaaaggtatttgcctctttgtgccgtctgacacttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCAGTGCTCTTTGTAATGAACACAATGTGGTTCATGAAGATCTTAAAAGGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G016184_T02
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os03g46410.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gtactaagatcttcattcctaatgcatttat------tctgttttacaaatttatagtcaactgtaaaggtatttgcc-tctttgtgccgtctgacacttaactac------------------agATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCAGTGCTCTTTGTAATGAACACAATGTGGTTCATGAAGATCTTAAAAGGTG
||| ||| || | |||| || ||||||||||      | | || ||     || |  | |  |||| |  ||       ||| | |||  ||| |||| |   |||                  || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
gtaataacatatccattgctgatgcatttatggactctttattctattttattgtgtttatatgtacaaatacacataatctctatgctatctaacacattcttactgttctatcttcttatgcagGTAATGCAGATGCATGCTTTTGGGTACTACTTGACATTTATTGTGCCATCGGTGCTCTTTGTCATGAACACAATGTGGTTTATGAAGATCTTGAAAGGCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37375483|gb|CF624180.1|CF624180
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|211033261|gb|FL440337.1|FL440337
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6465580|gb|AW191175.1|AW191175
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|12972667|gb|BG268096.1|BG268096
EST:     ATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATGCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: ATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACAT-CTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|86474267|gb|DY240637.1|DY240637
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|12972723|gb|BG268124.1|BG268124
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|166415244|gb|EG271140.1|EG271140
EST:     ATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: ATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6526808|gb|AW216077.1|AW216077
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|32910942|gb|CF015754.1|CF015754
EST:     TATTTTTGTTTATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6466756|gb|AW191416.1|AW191416
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|37391506|gb|CF632996.1|CF632996
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|71760532|gb|DR958469.1|DR958469
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|60400317|gb|DN233124.1|DN233124
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|148953652|gb|EC899011.2|EC899011
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|50338097|gb|CO533223.1|CO533223
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTCCCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|6827703|gb|AW331346.1|AW331346
EST:     TTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|211286255|gb|FL063748.1|FL063748
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTNGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATC
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTT-GGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATC
EST: gi|83279176|gb|DV943184.1|DV943184
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|76293603|gb|DV033171.1|DV033171
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCCTTTGG
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCC-TTTGG
EST: gi|50322745|gb|CO517871.1|CO517871
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|67030326|gb|CO459075.1|CO459075
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|76293602|gb|DV033170.1|DV033170
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|148947019|gb|EC892316.2|EC892316
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|148953653|gb|EC899012.2|EC899012
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTT-GGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCA
EST: gi|83278187|gb|DV942195.1|DV942195
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
EST: gi|67017667|gb|CO446416.1|CO446416
EST:     TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG                         ATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA
genomic: TATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAGgtactaagat ... ttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatagtcaactgtaaaggtatttgcctctttgtgccgtctgacacttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCAGTGCTCTTTGTAATGAACACAATGTGGTTCATGAAGATCTTAAAAGGTG
                                           acttaac  putative branch site (score: 3)
                                             ttaacta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactaagatcttcattcctaatgcatttattctgttttacaaatttatagtcaactgtaaaggtatttgcctctttgtgccgtctgacacttaactacagATAATGCAGATGCATGCCTTTGGGTACTACCTGACATTTGTTGTGCCATCAGTGCTCTTTGTAATGAACACAATGTGGTTCATGAAGATCTTAAAAGGTG

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