Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gctctctttgctaattgatattttctgtatgtagtatttggctaattgccttaataattttctcatgacattgttgaccaactgaagatgatggtttcagGTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGATCCATGCATTTCTTGATCCTGCCAAATCACTGACACAACATTATGGTGCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013908_T03
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18661346|gb|BM501365.1|BM501365
EST:     TGGGAACTTAGGGACTTCTCTGCCAATTTGGTTGCCTTGGTATGTCAGAG                         GTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGAT
genomic: TGGGAACTTAGGGACTTCTCTGCCAATTTGGTTGCCTTGGTATGTCAGAGgtgagtgata ... atggtttcagGTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGAT
EST: gi|76283812|gb|DV023380.1|DV023380
EST:     TGGGAACTTAGGGACTTCTCTGCCAATTTGGTTGCCTTGGTATGTCAGAG                         GTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGAT
genomic: TGGGAACTTAGGGACTTCTCTGCCAATTTGGTTGCCTTGGTATGTCAGAGgtgagtgata ... atggtttcagGTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGAT
EST: gi|26455852|gb|CA827435.1|CA827435
EST:     TGGGAACTTAGGGACTTCTCTGCCAATTTGGTTGCCTTGGTATGTCAGAG                         GTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGAT
genomic: TGGGAACTTAGGGACTTCTCTGCCAATTTGGTTGCCTTGGTATGTCAGAGgtgagtgata ... atggtttcagGTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgccttaataattttctcatgacattgttgaccaactgaagatgatggtttcagGTTTGGTCATGTCTATCACAACCTTCAAAATCGGTTAACTAAAACATTGATCCATGCATTTCTTGATCCTGCCAAATCACTGACACAACATTATGGTGCT
                          tgttgac  putative branch site (score: 3)
     ttaataattttctcat  TA-rich tract