1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtagatcccatttgaaactcttttttttttgtattagttattccttcctcagatcccacttatgtgggagccgccaacactgggtctgtcctatgcactggctgattgttttttctgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAGCCGGAACTGCAGCTTGAGAAGCAGAAAAACGAGATGAAAAGGAAGGAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G013908_T02 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCG ATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGGAEST: gi|26455852|gb|CA827435.1|CA827435
genomic: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCGgtagatccca ... tgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGG-A
EST: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCG ATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAGEST: gi|19822284|gb|BQ048308.1|BQ048308
genomic: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCGgtagatccca ... tgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAG
EST: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCG ATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAGEST: gi|211271502|gb|FL060904.1|FL060904
genomic: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCGgtagatccca ... tgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAG
EST: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCG ATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAG
genomic: CACAACATTATGGTGCTGTCCAAGGGATATCTGCACTGGGGCCCAGCGCGgtagatccca ... tgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAG
ccgccaacactgggtctgtcctatgcactggctgattgttttttctgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAGCCGGAACTGCAGCTTGAGAAGCAGAAAAACGAGATGAAAAGGAAGGAAG
ggctgat putative branch site (score: 4)
ttgttttttctgctt CT-rich tract
attgtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagatcccatttgaaactcttttttttttgtattagttattccttcctcagatcccacttatgtgggagccgccaacactgggtctgtcctatgcactggctgattgttttttctgcttaccagATTAGACTCCTTCTTTTGCCCAACCTTGTGACATATATGCAACTTCTGGAGCCGGAACTGCAGCTTGAGAAGCAGAAAAACGAGATGAAAAGGAAGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA