Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtatcttggaatcttgattatgtgtgttataatttatataaacaaagttatggacttagagaatgtctagaggctaagagcactcttcactaatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005493_T01
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G335948_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
gttggtatcttggaatcttgattatgtgtgttataatttatataaacaaagttatggacttagagaatgtctagaggctaagagcactcttcactaatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG
                 | ||| |  | || |  | |||  ||           |  | || ||| ||||   || ||||| || |  ||||| |  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||| |||
----------------gtagatcagttttgctgcattttgcatg----------taaatttggagtatgttctgaagctaatagaagccttcattggtactgcagCCCAGAGGTTAAAGTGTATGCTTATGGTGCTGCTCAAGTTAAGAAAGCTTTAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211302405|gb|FL012357.1|FL012357
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAANGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: gi|67027757|gb|CO456506.1|CO456506
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: gi|67019408|gb|CO448157.1|CO448157
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: gi|67037452|gb|CO464268.1|CO464268
EST:     CACGGAGCTTCT-CTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: CACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
EST: gi|148950087|gb|EC895623.2|EC895623
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGT
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGT
EST: gi|76286923|gb|DV026491.1|DV026491
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTG
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTG
EST: gi|67010832|gb|CO439581.1|CO439581
EST:     ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAG                         CCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT
genomic: ACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 412

GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 472

GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 461

GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 631

GGTGAGACCAATATAAAGCCATTGTGGGGTACTGCACAGCTCTTTATGCATCCTCGTTACATGCACGGAGCTGCTACTAGgttggtatct ... aatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttatggacttagagaatgtctagaggctaagagcactcttcactaatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG
                                         cactaat  putative branch site (score: 631)
                                          actaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtatcttggaatcttgattatgtgtgttataatttatataaacaaagttatggacttagagaatgtctagaggctaagagcactcttcactaatattgcagCCCAGAGGTTAAAGTATATGCATATGCGGCTGCACAAGTTAAGAAAGCTTTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG